1874年日本企图入侵台湾，引起清政府警惕。年底，洋务派恭亲王奕开始筹议海防，决定由李鸿章、沈葆桢分别督办北洋、南洋海防。南洋水师负责海域为江浙一带，停泊地则主要为上海、南京。南洋水师的军舰多数为江南制造局及福州船政局所制造，只有少量购自英国、德国。南洋水师吨位、装备、人员及实力皆与北洋水师相差甚远。这主要因为清廷的政策是先集中力量发展北洋水师，其次是南洋水师的军费被左宗棠挪用到朱家山水利工程了。
1882年，左宗棠调任两江总督兼南洋通商大臣。一向注意经世致用的左宗棠十分注意兴修水利工程。他很重视朱家山水利工程，认为它可以“捍卫淮扬亿万生灵，化灾区为腴壤。”
1882年，左宗棠以两江总督的身份奏准朝廷，称重开朱家山河，得到朝廷批准。动用“盐票项下”积款，支银十七万七千零八十两。左宗棠利用当年用兵新疆的经验解决石工问题，委派旧部王德榜督率熟手湘军在朱家山用炸药轰石。在河工中先后投入11个营的防军力量，后来“又准每营各加募勇夫百数十名，照民夫发给工值，帮同工作”。湘军层层炸开岩石，最后打通朱家山，在下游开挖了新河。整个工程西起张家堡接通滁河，东达浦口入长江，长达120多里。朱家山河工工程历时2年完成，凿成由滁河通向长江的分洪道——朱家山河，对滁河中下游流域的旱引涝泄，起到一定作用，改变以往“迄用无成”的局面，消除了南京西北及安徽部分地区数十万顷圩田的水患。如此浩大的工程，光靠十几万两盐税是肯定不够的，于是，左宗棠便挪用了南洋水师的军费，达数百万两白银，从此，南洋水师因军费匮乏而一蹶不振。
对左宗棠挪用南洋水师几百万两白银军费一事，《萨鼎铭先生年谱》和《新世说》均有记载。萨鼎铭被人称为“中国海军的模范军人”，是民国海军上将，其侄儿萨伯森先生在《萨鼎铭先生年谱》一书中记载：“1878年，，公二十岁……南洋调集之款数百万亦为江督提办朱家山河工筑室道谋，此海军之所以不振也。”原北洋政府法制局局长易宗夔在《新世说》中也记载了左宗棠挪用南洋海军军费一事：“慈禧太后尽移北洋海军费二千万筑颐和园，南洋海军费亦为左季高移治朱家山河工。”
南洋水师简介
南洋水师，或作南洋舰队、南洋海军，是清朝洋务运动中建立的其中一支现代海军舰队。正式建立是在1875年，命时任两江总督兼南洋通商大臣沈葆桢建立。至1884年中法战争前已颇有规模，有巡洋舰、炮舰等十七艘约二万吨。1884年中法战争中，南洋舰队失去两舰，又因意外沉没一舰。南洋水师的军舰多数为江南制造局及福州船政局所制造，只有少量购自英、德国。由于清廷的政策是先集中力量发展北洋水师，故此南洋水师无论是吨位、装备、人员及实力皆与之相差甚远。南洋水师负责海域为江浙一带，停泊地则主要为上海、南京。
1874年日本企图入侵台湾，引起清政府警惕。年底恭亲王奕䜣开始筹议海防，至1875年中决定由李鸿章、左宗棠分别督办北洋、南洋海防;并在北洋先创立水师一军，购置铁甲舰一二，准备日后以一化三，择要分布。每年从海关预算四百万元，分解南北二洋。后沈葆桢以四百万分建两军分散太少，提出全数解北洋。1885年中法战争时，南洋水师曾派五舰赴台支援，在海上与遇法舰九艘。南洋舰队中三舰退避入港，另外二舰进入石浦湾后自沉。之后南洋水师一度长期停止建购新舰。甲午战争后北洋水师覆没后，南洋水师部份舰艇调防北洋。至1909年，南北两洋水师合并，改成立巡洋舰队及长江舰队。南洋舰队正式消失。