条约评价
《尼布楚条约》中国签订的第一个边境，条约承认黑龙江和乌苏里江流域包括库页岛在内的广大地区是中国领土，客观上遏止了俄罗斯帝国继续向东扩张。清政府获得雅克萨之战胜利后，为了和平发展虽做出了巨大的让步，但该条约在一定程度上维护了中国领土主权完整。俄方通常认为尼布楚条约不利于俄国，对俄而言是不平等条约，而认为后来的《瑷珲条约》和《北京条约》是对俄真正平等的条约。也有部分俄国史学家认为《尼布楚条约》对俄国有利，如沙斯季娜认为《尼布楚条约》“是俄国在俄满关系方面所取得的第一个外交胜利”。
中国主流认为《尼布楚条约》是平等条约，清史专家戴逸先生说：“《尼布楚条约》保障了中国东北边境一百多年的安定和平，为清王朝后来平定西北、西南地区的叛乱提供了稳定富饶的大后方，对于清朝的发展和繁荣、康乾盛世局面的出现，具有非常关键的作用和非常重要的历史意义。”
有人认为《尼布楚条约》“割地”，因此对中国来说是不平等条约。如果说《尼布楚条约》割地了，那前提至少是俄国所得之地之前就是清朝领土，而尼布楚地区虽在以前为蒙古茂明安部落的游牧地，但茂明安部落早在后金时已经内迁归附，离开了尼布楚，当时尼布楚地区游牧的是蒙古布里特亚部落，他们并不属于清朝，清朝也并未对这一地区实行有效统治，因此谈不上清朝割让了本国领土给俄国，其实质只是一块无主地的归属问题。而且《尼布楚条约》签订时，喀尔喀蒙古也不属于清朝。
国外评价
全球通史
美国历史学家斯塔夫里阿诺斯(Leften S. Stavrianos)在他著的《全球通史》中说，“(《尼布楚条约》)是中国与欧洲一大国签订的第一份条约;由于中国代表团有耶稣会会士任译员，条约用拉丁语拟定。边界确立在沿阿穆尔河以北的外兴安岭一线上，所以，俄罗斯人不得不完全地从有争议的流域地区撤走”，“以后170年中，俄罗斯人一直遵守条约规定，停留在阿穆尔河流域以外的地区。”
俄罗斯史
瓦西里·戈利琴又在一个新的领域——即外交领域遭到失败。他与中国签订的涅尔琴斯克条约规定，把黑龙江两岸割让给这个大国。这样，俄国三十多年来拥有的这条完全可以航行的西伯利亚河流便归了中国人，形成了两个国家的新边界线。在克里姆林宫很少有人了解这种割让在战略上具有的危险性。不管怎样，了解谈判进程的索菲亚，几乎未把此事放在心上。