对于张献忠“屠川”之说，清朝时的书籍中，其可信度有些值得怀疑，有一些历史学家持怀疑态度。他们认为，这些史料多半出自清朝的官方正史和御用文人，有严重的污蔑、栽赃的倾向。
其一，攻占四川意图
从张献忠的主观意图来看，张献忠入川的本意是要夺取四川作为根据地，既可出汉中定西北，又可下长江定江南，重演隆中对的策划，退则可割据一方，天下有事则坐山观虎斗，天下无事则举蜀而降，也可以封王封侯。1644年张献忠好不容易攻进成都，建立了自己的国家。建国之后就拼命招徕四川人才，并发布“三年不征钱粮”的政治号召。很难想象他一边建国，一边又大肆屠杀民众而自毁长城。
其二，安抚当地百姓。
以张献忠经营四川的第一年情况来看，“屠蜀”是不符合事实的。1644年，张献忠进军成都时，明朝守土官员曾问张献忠入川的意图何在。使者回答说：“暂取巴蜀为根，然后兴师平定天下。归诚则草木不动，抗拒即老幼不留。”。所以他在入川初期是非常注重团结所有有可能团结的力量的，打击的对象仅限于与大西政权为敌的官绅，除了抵抗者之外，并不滥杀无辜。
他在攻打泸州的檄文中说：“凡我军士，如有借故滋扰，株连良民，及其他淫掠不法情事者务须从严查办，赔偿损失。
保存至今的大顺二年(1645)《大西驳骑营都督府刘(进忠)禁约碑》郑重声明：“本府秉公奉法，号令森严，务期兵民守分相安，断不虚假不许擅自招兵，扰害地方;不许往来差舍擅动铺递马匹兵夫;不许地方武职擅受民词;不许假借天兵名色扰害地方;不许无赖棍徒具词诈告，妄害良民;不许文武官员擅娶本土妇女为妻妾。”违者按碑律斩杀。这是张献忠起义军注意纪律的铁证。
与张献忠接触频繁的西方传教士曾统计过，张献忠在成都建立政权之初，“在朝之官统计千人”，而其中大部分是在四川吸收的。至于那些未及入仕的知识分子，在张献忠攻克成都后，或“入学”，或“习举业”，以至于当大顺二年“开科取士”时，“应诏者不下数千”。
如果张献忠入川后发动大规模屠蜀或镇压官僚士子事件是真的话，上述原明官吏转到大西政权寻求保护，或是知识分子在新朝积极考取功名的现象是不可能出现的。而当时的真实情况就是大西军占领四川的初期，各地社会秩序比较稳定，地主豪绅既有攀龙附凤之心，又慑于大西政权的兵威，阶级冲突并不十分尖锐。因此，大西政权采用暴力镇压的措施相当有限，杀人并不多。
其三，“七杀碑”的传说。
例如满清的“七杀碑”传说。清政府说张献忠不仅杀人如麻，还在他杀人的地方立了个碑，碑上写有：
“天生万物以养人，人无一善以报天， 杀、杀、杀、杀、杀、杀、杀’”。
但是，1934年一位英国传教士在四川广汉的一个公共墓地里，找到了一块张献忠立下的“圣谕碑”。碑文上却是：
“天生万物与人，人无一物与天;鬼神明明，自思自量”。
说的是慈悲的上天赐万物于人类，而人却没有一物可用来报答上天，所以人需要反省，是劝人畏天行善的，根本就没有一点杀气。而某些御用文人，把前两句留下，后面加上七个“杀”字，来凸显张献忠的残暴，其污蔑、泼粪之意，不言自明。
其四，当地人自发祭拜张献忠。
在梓潼七曲山大庙，是中国第一座文昌帝君庙。奉祀主神自然是文昌帝君张亚子，但在大庙的风洞楼上还塑了一尊张献忠的绿袍像，附近还有有一座张献忠家庙。每年二、八月时，梓潼居民都要到塑像前参拜一番。当地传说是明朝崇祯年间，官逼民反，张献忠领兵对抗朝廷，到了梓潼后，杀贪官、开米仓，解决百姓长期的缺粮之苦，因此虽然朝廷大举围杀张献忠，四川百姓对于张献忠却有拥戴之心。
张献忠死后，当地人为寄托怀念之情，于七曲山风洞楼上，为他塑像，绿袍金脸，甚为威武，香火不绝三百余年。乾隆初年，此庙曾经遭地方官砸毁，其后，又有人重塑，但又被官方捣毁，几经反复。张献忠如果屠蜀，当地百姓为何对他如此崇拜?
其五，清朝“文字狱”的下被毁的真实史书，
自康熙五十年(1711)戴名世的《南山集》案起，历时一百多年，士大夫和老百姓慑于法令的残酷，都不敢私自藏匿张献忠的真实史料，因而那些能证实张献忠生平的翔实材料均被统治者收缴殆尽。《明史·张献忠传》，是根据《绥寇纪略》、《蜀碧》等野史炮制而成。《绥寇纪略》的作者吴伟业，是投诚张献忠后又因罪被张所杀的吴继善的本家;《蜀碧》的作者彭遵泗，是乾隆二年(1737)进士，官居御林院编修。他们的书有多大可信度值得怀疑。
而官方编纂的《明史》这部正史都漏洞百出，先是记载蜀地有三百余万口，后又记载张献忠杀了“六万万”蜀人。
其六，张献忠死了十三年后，清廷才评定四川。
1646年，即清人入关后第三年，张献忠在西充县凤凰山多宝寺前中箭身亡后，满人即宣布四川平定。然而事实并非如此。直到张献忠死后十三年的1659年，清军才攻陷重庆。也就是说，在这十三年中，张献忠余部以及四川人民和清军展开了殊死战斗。对四川人民的这种顽强不屈的抵抗，清军必然采用了残酷的屠杀来征服。“扬州十日”、“嘉定三屠”就是再确凿不过的证据。据《四川通史》，1647年清将张德胜攻入成都被杀后，相继进攻四川的清军有高民瞻、吴三桂、李化龙等部。直到1660年，巡抚佟凤彩始在成都建立官署;直到1663年，清军才真正拿下重庆;直到1665年，川境战事结束，全蜀才完全归于清廷统治。如果张献忠在1646年11月前，就已将四川人几乎杀光，何需清军花费十多年时间去平定?千里已无人烟的四川，又何能抵抗清军十多年?
其七，被杀人数的肆意夸大。
《续编绥寇纪略》和《明史》说张献忠在四川杀了六万万(六亿)人，这数字明显夸大，当时的中国总人口还不到一亿 ，这些事实说明清政府的宣传存在明显夸大的成分。然而也有人指出“六万万”的意思，其实就是六十万。
尽管历史上农民起义有乱杀的现象，但张献忠屠杀到四川只剩下6万人是不可想象的。
对此，《中国断代史系列·明史》有如下论述：
“《续编绥寇纪略》所记的张献忠起义军在川杀人数，绝不可靠。由此推想，旧史书上述几起张献忠起义军杀戮事件的记载，夸大渲染之处肯定存在。但是，关于上述杀戮事件，有多种 史书加以记载，而且除了细节的差异外，基本情况大体相同，这说明这些事件应是确有其事。狭隘的地域观念，使他对四川人产生偏见，从而不仅杀了明朝残余势力，也杀了许多一般绅士，更杀了不少劳苦群众，这便使这类事件在一定程度上带有了反人民 性。由于张献忠之在四川大杀戮，具有反人民性的一面，这便使之严重脱离群众。脱离群众的人是不可能成功的，张献忠之大杀四川人，成为其后来遭到丧命惨败的一个 重要原因。”
在各种各样记载张献忠屠蜀的史料中，最离奇的莫过于毛奇龄《后鉴录》中所谓的“四路屠蜀”：
“自成都起由城北威凤山至南北桐子园绵亘七十余里，尸积若丘山。其妇不胜杀，则引絙而批于水。岁丙戍元日，命四将军分路草杀。五月，回成都，上功疏：平东一路，杀男五千九百八十八万，女九千五百万;抚南一路，杀男九千九百六十余万，女八千八百余万;安西一路，杀男九千九百余万，杀女八千八百余万;定北七千六百余万，女九千四百余万。献忠自领者为御府老营，其数自计之，人不得而不知也。”
把毛奇龄所记录的四路屠蜀的数字相加被屠杀的人口竟接近7亿。
此外，将屠川责任全推给张献忠一人也是不合理的，造成清初四川人口锐减的推手，清初张烺的《烬余录》说了一大半实话。《烬馀录》记载：
“今统以十分而论之，其死于献贼(张献忠)之屠戮者三，其死于摇黄之掳掠者二，因乱而相残杀者又二，饥而死者及二，其一则死于病也。”
“献贼”即张献忠，“姚黄”是另一支农民武装势力姚天动、黄龙的部队，“因乱而自相残杀者”，则是指四川地方土豪之间的攻伐。当然，由于这本书是献给康熙皇帝看的，作者不敢指认清军残害川民的状况。
《圣教入川记》却率直地写道：
“张献忠灭后，旗(清)兵在川，一时未能设官治理。彼时川人不甘服旗人权下者，逃往他处，聚集人马，抵抗旗兵。如此约有十年。迨至1660年(顺治十七年)，川省稍定，始行设官。所有官长，皆无一定地点居住，亦无衙署，东来西往，如委员然。此时四川已有复生之景象，不幸又值云南吴三桂之乱，连年刀兵不息。自1667年(康熙六年)，至1681年(康熙二十年)，一连十五载，川民各处被搂，不遭兵人之劫，即遇寇盗之害。哀哉川民，无处不被劫掠，殊云惨矣!幸至1681年，匪党盗寇，悉为殄灭。然四川际此兵燹之后，地广人稀，除少数人避迹山寨者，余皆无人迹。所有地土，无人耕种，不啻荒郊旷野，一望无际。”
由上述可见，造成清初四川人口锐减之“人祸”，实是张献忠、姚黄农民武装、残明军队、清军、地方土豪、吴三桂叛军等战乱共同肆虐之结果。此外，还有大旱、大饥、大疫、虎害。