顺治二年(1645年)七月，汪兆麟献策屠蜀。次日，屠城成都，先杀男子，后逼妇女投江，被屠戮者不计其数，《纪事略》中说“不下四五百万”，实际数不可考。不久，又以“特科”的名义，骗四川的乡绅、士子、医卜僧道杂流到成都，后全部屠杀，被杀者万余人。
顺治三年(1646年)年正月，大杀大西军中的川籍士兵，除十四岁以下者全部尽杀。该年上半年，派兵分剿成都府属三十二州县，定例每杀一人，剁两手掌、割两耳及一鼻解验，准一功，妇女四双手准一功，小孩六双准一功。直至五月各地剿杀部队才全部回成都。
顺治三年(1646年)春，张献忠在彭山江口大败于明军杨展，败退成都。
顺治三年(1646年)五月，明总兵曾英进军成都，张献忠遂弃成都，向川北转移。由于受到进剿追击，张献忠于是将成都劫掠一空，另有一说说张献忠在撤军时，嫌士兵太多于是大戮士兵，并杀尽军中随军妇女，但此说和其他文献想矛盾，较不可信。
当时“张贼屠蜀，民殆尽;楚次之，而江西少受其害。事定之后，江西人入楚，楚人入蜀。故当时有‘江西填湖广、湖广填四川’之谣”。
《圣教入川记》说张献忠“性情暴虐，每日均杀人。大西的官员本有九百人。张献忠离开成都时还有700人。到他临死时只有25人”。