天命十一年(1626)七月二十三日，努尔哈赤染病，到清河温泉疗养。八月初七日，因病势沉重，决定返回沈阳，乘船顺太子河而下，同时派人召大福晋阿巴亥来见。阿巴亥所乘的船，在浑河上的叆鸡堡河段与努尔哈赤所乘的船相遇，准备随后一起赶往沈阳。然而，努尔哈赤再也没有回到沈阳，再也没有见到他的儿子和部属们。八月十一日未时(下午13-15时)，六十七岁的努尔哈赤死在了浑河的船上，地址正在叆鸡堡，距离沈阳四十里。阿巴亥只能陪着丈夫的尸体返回皇宫。阿巴亥成了陪伴努尔哈赤最后一刻的唯一一人。
努尔哈赤至死都没有确立继承人，后金王位的归属，成了一个极大的问题。按照努尔哈赤生前曾经制定的“大汗共推”之说，皇太极被推举为新汗。然而，这位新汗此时所担忧的是阿巴亥作为努尔哈赤临终前唯一的陪伴者——假如这位大福晋对皇太极继位不满，说出什么不利于新汗的“遗言”、或者以她的正妻的名份再加上三个儿子手里的军队来图谋汗位呢?于是，一个阴谋出台了。
八月十二日寅(凌晨3-5时)时，代善宣布了皇太极继位的消息。刚死了丈夫的阿巴亥并没对这个消息做出任何反映，因为这毕竟是诸皇族共推之举。但是卯时(清晨5-7时)又一个消息被宣布：先帝早有遗命交代诸王——大福晋殉葬。
除了努尔哈赤疗养的短短十几天之外，阿巴亥一直跟随的丈夫身边，丈夫临终时也只有自己陪伴，他不可能、也没有时间见过这些王公，留下这样一条遗嘱。然而阿巴亥的哭叫和辩解没有任何作用，所有的成年王爷和大臣都赶到了她所住的宫室，各种各样的眼睛都紧紧地盯着她，恶狠狠的话也从这些道貌岸然的男人嘴里吐出来：“先帝有命，虽欲不从，不可得也。”
影视人物——多尔衮
第四次 死后被废——皇权私怨带来的身后灾难
多尔衮对皇太极的做法，看在眼里，恨在心上，但他城府很深，善于韬光养晦。他深知，若此时为母亲鸣不平，不仅毫无用处，反而还会断送自己。十几年后，当多尔衮当上了权倾朝野的皇父摄政王时，终于有了为母亲正名的机会了。顺治七年(1650)八月，多尔衮利用手中的权力，以顺治皇帝的名义，正式追谥阿巴亥为“孝烈恭敏献哲仁和赞天俪圣武皇后”，将其神牌升祔太庙，与努尔哈赤并列太室，同飨玉筵。
但是好景不长，多尔衮病死，顺治很快开始清算自己和多尔衮之间的旧账。顺治八年二月，追论多尔衮之罪，多尔衮、阿巴亥以及多尔衮之妻的所有封典悉被追夺，神牌从太庙中撤出。阿巴亥的骨灰是否从福陵中迁出，尚待考证。虽然在127年后，乾隆帝为多尔衮恢复了名誉，但对其生母阿巴亥却一字未提。从此，阿巴亥便销声匿迹了。阿巴亥第四次成了政治斗争的牺牲品。
《清史稿·列传一·后妃》：大妃，那拉氏，乌喇贝勒满泰女。岁辛丑，归太祖，年十二。孝慈皇后崩，立为大妃。天命十一年七月，太祖有疾，浴於汤泉。八月，疾大渐，乘舟自太子河还，召大妃出迎，入浑河。庚戌，舟次叆鸡堡，上崩。辛亥，大妃殉焉，年三十七。同殉者，二庶妃。妃子三：阿济格、多尔衮、多铎。顺治初，多尔衮摄政，七年，上谥孝烈恭敏献哲仁和赞天俪圣武皇后，祔太庙。八年，多尔衮得罪，罢谥，出庙。
——这是相对中庸的一段记录，回避了所有关键的细节，却又没有失实之处，不愧大清都是皇太极的后代。
不过皇太极亲自编定的《清太祖实录》里关于阿巴亥的说法才最可笑：说阿巴亥“饶丰姿，然心怀嫉妒，每致帝不悦，虽有机变，终为帝之明所制。”因此努尔哈赤“留之恐后为患”，预先嘱咐诸王“俟吾终，必令殉之。”
满族的殉葬制度，早在关外部落时期就已经盛行，孟古姐姐死时，努尔哈赤就曾将她生前的婢仆四人送去殉葬。早年为丈夫殉葬的也确实有无子的嫡妻，然而后金时期已经完全改变---丈夫死后，嫡妻即使无子也不必殉葬，而是选择一名无子之妾从殉。从殉之妾一般都要艳妆，然后由嫡妻率家人儿女向她行礼之后“上路”。最好的待遇是服毒自杀，或由家人以弓箭射杀或以弓弦绞杀，若是此妾不愿从殉的话，则会被家人活活掐死。
因此，阿巴亥做为生育了三子的嫡妻，而且还有两个儿子尚未成年，她被选中殉葬绝对是非正常的事件。阿巴亥殉葬前督促皇太极当众立誓，这才是多尔衮兄弟的真正保障所在，也是阿巴亥用死换来的最重要的结果。
阿巴亥是用什么方式死的，从已经被再三修改的史料中只看得到“自杀”二字。影视剧里一般都安排她自缢。不过，那时的满族仍以骑射为风，自缢这样相对“斯文”的死法并不多见。而皇太极既然以"传统"、“遗命”为由逼殉继母，应该会做戏做足全套，阿巴亥很可能是被弓箭射杀或者弓弦绞杀而死的。