不难看出，这种方式跟唐、宋朝那种由中书、门下、翰林院等多种机构结合一起草拟下行诏令和审核上行奏章的方式要集中、简便和有效得多。但由此一来，虽然宰相已废，表面上皇帝直接指挥六部、百司政务；实际上许多关于国计民生的大事都得依靠“票拟”定夺，皇帝的意志和权力受到了内阁诸臣极大的左右限制。
可以说，明朝每一项政治措施都在内阁票拟的控制之下。这一方面可以用来解释为什么万历可以多年不上朝，而国家机器却能正常运作的原因。反过来，也可以理解到正德皇帝在南巡时所遭遇的阻力为何这么大，嘉靖的大礼仪事件为何这么激烈，万历的国本之争中，要另立一个太子是多么难。
可以说，越到明朝晚期，皇帝手中的权力越弱，皇帝甚至已经变成了退居幕后的国家最高统治者，而行政权已经几乎完全落在了内阁和六部的手里。所以，要迁都，就必须取得内阁和六部众官员的同意。
然而，朝堂上反对声如潮。廷上的衮衮诸公，全都熟知“土木堡之变”的那一段旧事，在当时的北京保卫战前夕，不是有人曾经提议和支持过迁都吗？那些人的名字，都被牢牢地钉在了历史的耻辱柱上。而反对迁都的于谦，则成了光照千秋的大英雄。
英雄和狗熊之间，你会怎么选？退一万步说，很多大臣内心这么打算的：就算李自成真的推翻了大明王朝，改朝换代，我们也不过改换门庭，换个主子而已。所以，内阁大学士陈演、魏藻德不断授意兵科给事中光时亨给予激烈谏阻。一时间，“不杀明睿，不足以安人心”之论喧嚣尘上。
最后，崇祯不得不表态，说：“祖宗辛苦百战，定鼎于此土，如果因为闯贼来了，朕一人独去，怎么对得起宗庙社稷？怎么对得起京师百万生灵？即使事不可为，国君死社稷，乃是大义之正。朕决不南迁！”（徐鼒《小腆纪年》卷三）迁都之议就此流产。后宫的周皇后大为感叹，说：“南中我家里甚可居，惜政府无有利持之者！”