这些，曾国藩都看在眼里，所以他不急，可慈禧急了。又将他召进宫去，问他究竟何时动身，他说：“明日进内随班行礼，礼毕后三两日即起程。”慈禧很不满意，加重了催促的语气，说：“江南的事要紧，望你早些儿去！”他知道，慈禧一急，此案就该了结。该出手时便出手，到了断时就了断。你想一下，如果慈禧要追查，还会让他去吗？如果慈禧不怕兵变，还会那么着急的催他去吗？
要他去，便是尽快了断，勿起兵变。慈禧心虚，她好不容易打入湘军地盘的钉子，就这么给人拔了，下一步还会出什么事，她心里其实没底，马某一死，她权当弃子，可朝廷的面子还要维持，所以还要高调追查，派了最高级别的刑部尚书郑敦谨去追查。
郑有“青天”名声，是个依法办事的人，在他手里，就办过湘军将领，但这一次，要法治，还是要讲政治，他没有拎清。一到江宁，就提审犯人，曾氏听审，一言不发，连讯了十几天，越扯越乱，曾国藩开口说了一句：看来只好仍照原审奏结。这时，郑才知道，原来自己只是摆设，朝廷让他高调出马，是要借他的名声来结案。于是，郑、曾联衔上奏依原审结案，曾还附了一个夹片，陈明“实无主使别情”，然后，将刺客凌迟，摘心献祭，给马某办了祭礼。
那位郑大人，自结案以后杜门不出，对于曾氏所有邀请一概辞谢，送他程仪，也分文不收，两随从每人收了五百两银子。圣旨还未下达，罪犯还没正法，他便离开了江宁。曾氏为他送行，他头也不回，扬帆而去。郑并未回京交旨，船到淮河边就停了下来，打发随从代他回京交旨，声称有病，不能回京。钦差大臣不回京交旨，按清制是要治罪的。曾氏觉得有点对不住他，从中斡旋，方才掩饰过去。但郑并不领情，而是请求开缺，终生不再为官。两个助手回京后，悄然而失，其中之一，留下一本《南行日记》，记述了审案一事，说：“刺马案与湘军有关”，“刺马案背后有大人物主使”。
这个“大人物”，当然就是曾国藩，他在跟朝廷扳手腕。他以湘军定江山，欲以此一扳，扳出汉家江山。其实，马新贻又何尝不是一条好汉？敢为天主教担保，却身不由己，被朝廷拱卒，不知楚河汉界各有边际，甘为朝廷驱使，犯我江南汉界，入我楚河腹地。