嬴政为王时才13岁，由于年幼，国家大权掌握在吕不韦与太后手中，太后又与嫪毐勾结在一起，形成一派势力。秦王政不但不能限制，反而不得不给他们加官进爵。直到始皇九年，嬴政21岁，按礼仪正式授冠、佩剑，这时他在政治上已经成熟，具备了整治吕、嫪两党的条件，就借人告发嫪毐之机，一举粉碎了吕、嫪两派。
事情是这样的，吕不韦在始皇年少之时，与其母保持两性关系多年，及始皇长大，始皇母还与吕不韦私通，吕不韦怕事情发觉祸及自身，就暗地访得一个床上功夫极强的男子嫪毐为门客，并故意让嫪毐在大庭广众之下以阳具拨弄桐木车轮，使秦始皇母知道这件事。果然秦始皇母听到后极感兴趣，同意以嫪毐代吕不韦。吕不韦就诈称嫪毐犯罪，要处其以宫刑，但私下却与秦始皇母共同贿赂行刑者，瞒过众人耳目，嫪毐遂冒宦官之名得进内宫。
秦始皇母与嫪毐行床上事，极为赞赏嫪毐之功力。后来秦始皇母竟怀了孕，为防人知，乃迁居于雍城。嫪毐每日相随，得赏赐甚丰，封为长信侯，于是广置家产，养童仆数千人。嫪毐依始皇母之势，骄横至极。一次与人赌酒，喝醉，乃自己说出与始皇母的关系，被人告发。秦始皇大怒，逮捕嫪毐，杀其三族及其与己母所生之子，嫪毐则被处以极刑——车裂。
吕不韦也受到牵连，但秦始皇对吕不韦的处理则比较有策略，因为吕不韦的资望很高，就写信责问吕不韦：“君何功于秦？秦封君河南，食十万户。君何亲于秦？号称仲父。”从这两句话就可以看出吕、嬴之间是严峻的君臣关系，无任何父子之情。秦始皇命吕不韦与其家属徙蜀，终而迫使其服毒自杀，就是这种关系的明证。
关于秦始皇的出生就有两种截然相反的说法，目前还未取得足够的材料来否定其中某一说法，所以，秦始皇的“生”仍然是个谜。