家产耗尽经济窘困被迫停办大学
冯庸抱着救国目的，全神贯注于学校，他本人也住在校内，亲自主持校政。每天清晨，当起床号吹响之时，冯庸会亲自打开宿舍门，用他那根常挂在腕上的手杖不停地敲击地板，督促学生，并高呼：“起床了”。冯庸和学生在一起就餐，留心观察学生是否吃饱，还经常到宿舍和学生攀谈，了解他们的学习生活情况。
由于冯大治学严谨、学风淳朴，自成立起始终运行得井然有序。但是，因为这所大学是冯庸个人出资创办的，而“九·一八”事变后冯庸在东北的产业全部被日军攫取，办学经费开始入不敷出。另一方面，冯大学生大部分是东北流亡青年，无法缴纳学费和生活费，再加上淞沪、热河两次抗战后，冯庸本就所剩无几的家产已消耗殆尽，冯大陷入举步维艰的境地。
1933年9月，因经费窘困无法维系，冯庸不得不解散了创办6年的冯庸大学，告别了昔日并肩作战的师生们。学校停办后，大部分学生并入了已迁校北平的东北大学。虽然冯大终结了，但冯庸和许多爱国师生仍旧以各种不同方式继续参加抗日活动，他们矢志报国的决心和行动，为全国其他高校师生做出了表率。
1949年，冯庸随国民党去了台湾。他晚年收入微薄，却将省吃俭用攒下的20万元新台币捐作“自强爱国基金”，足见其爱国之心。
1981年2月，冯庸走完了曲折传奇的一生，他的遗愿是希望冯庸大学能够复校。2006年，冯庸外甥张文琦代表冯庸向日本政府递交公开信，要求对被侵华日军损毁的冯庸大学进行民事索赔，还辽沈人民一所大学。
直到今天，沈阳还有一件当年冯庸大学的遗物，就在新华广场附近的沈阳燃气股份有限公司门前，有一对石狮子，下面镌刻着工整的字迹，上书“冯庸大学校成立纪念，中华民国十六年八月八日”，见证了曾经真实存在并有着辉煌过往的冯庸大学。