车厢峡突围后，李自成的实力大为膨胀，他成为了高迎祥麾下的实力派人物。手中拥有了数万军队，这一年恰是河南大旱，大批饥民加入农民军，河南当地的农民军总数一下破了四十万。但河南是中原腹地，正好方便明军围困。崇祯立刻调集了十万大军，从东南西北四个方向齐向河南压来，再次施行铁壁合围战略。在明军的连续打击下，各路农民军损失惨重。
到了崇祯八年（1635年）五月，各路农民军被集体压制在河南洛阳地区，严峻形势下，农民军齐集河南荣阳商议对策，在大多数主张撤出河南北进，甚至有人提出投降的时候，李自成却独具眼光的提出新战略：从明军包围的缝隙里冲出去，南下明朝的中都凤阳。这个疯狂的建议一出口，就几乎遭到集体反对，支持他的人只有两个，一个是他的老上级高迎祥，一个是他的老战友张献忠。结果，当其他各路农民军或北逃山西，或东进湖广时，高迎祥，李自成，张献忠三人合兵，一举攻克凤阳，不但将当地劫掠一空，更刨了朱元璋的祖坟，烧了朱元璋曾寄居的皇觉寺。
如此奇耻大辱，崇祯当然愤怒。愤怒之后，就想起了之前被他“戴罪”的曹文诏。刨完朱元璋祖坟的李自成，早在明朝大军到来前挥师北进，又窜进了陕西境内，在他背后紧紧追赶的，就是之前无数次陷他入死地的曹文诏。李自成一路北上狂奔，从陕西宁州一直跑到真宁，曹文诏死追不放，为了夺剿灭李自成头功，他竟然抛下大部队，仅带麾下三千精锐追赶，结果正中李自成下怀，李自成以三万兵马在真宁伏击，在付出六千多人的伤亡代价后，终于全歼曹文诏部三千人，全军覆没的曹文诏在李自成的包围下挥剑自刎，这位将军先打努尔哈赤，又打皇太极，再打李自成，戎马半生间，这是他唯一的一场败仗，却要了他的命。
击毙曹文诏，是李自成军事生涯的一场辉煌杰作，但此时的农民起义，却正是低潮期。与李自成分兵后在湖光活动的高迎祥，遇到了此时明朝另一位名帅---主持江北，河南，湖广，四川，山东五省军务的又一个“五省总督”卢象升。
卢象升手里有一支他亲手训练的，战斗力足够和此时满清八旗相媲美的王牌军---天雄军。
“刨祖坟”事件后，卢象升先在勋阳击败高迎祥，之后连战十余次，相继给高迎祥，张献忠歼灭性打击，到了崇祯八年（1635年）的汝阳之战，卢象升在总兵力只有对手十分之一，且断水断粮的绝境下，再度击破高迎祥。从崇祯八年五月到十一月，他在六个月里先后斩杀高迎祥部三万多人，作为农民军中最强一支的高迎祥几乎被打残了。同时，在荣阳大会后进入山西，陕西，湖广地区的其他各路农民军，也大部被明朝歼灭，整个中原地区主要的农民军势力，就剩下高迎祥，张献忠，李自成三支。
到了次年，即崇祯九年（1636年），农民军的处境更雪上加霜，先是高迎祥继续战败，在滁州与七顶山连续被卢象升重创，残存的十万人几乎被打光。接着李自成的部下高杰叛变，投降了陕西总督洪承畴，接着与洪承畴合兵，斩杀李自成部上万人。
幸好偏偏在这时，皇太极再次入寇山西，因为曹文诏已经牺牲，所以在抵抗皇太极的人选上，崇祯圈定了卢象升。这样做的结果，就是高迎祥成功的从湖广地区逃脱，开始了他最后的努力---北上与李自成会合。但这时候的明王朝，又为他准备了一个新的圈套。
是年七月，高迎祥从汉中入陕西，遭到了陕西巡抚孙传庭的阻击，受挫后的高迎祥企图从子午谷入境，却正中了孙传庭的埋伏。七月二十日，全军覆没的高迎祥被俘，随后被明王朝处死。这场农民军巨大的挫折，却让同时在陕西苦苦等候高迎祥的李自成“上位”。他被高迎祥的部下拥立，继承了高迎祥“闯王”的称号，也收编了他的残部。
从这时候起，李自成变成了明末农民起义的第一领袖。