北京郊区的疫情也很严重。在通州，“崇祯十六年癸未七月大疫，名曰疙疽病，比屋传染，有阖家丧亡竟无收敛者”。昌平州的记载中称为“疙疽病”，而且“见则死，至有灭门者”。又如河间府景县，“崇祯十六年大疫，病者吐血如西瓜水立死。”
当 时北京实际已是一座恐怖的疫城。如一份清代档案就提到崇祯十六年北京城的大疫情：“昨年京师瘟疫大作，死亡枕藉，十室九空，甚至户丁尽绝，无人收敛者”。 抱阳生在《甲申朝事小计》卷6中提到崇祯十六年二月的北京城，“大疫，人鬼错杂。薄暮人屏不行。贸易者多得纸钱，置水投之，有声则钱，无声则纸。甚至白日 成阵，墙上及屋脊行走，揶揄居人。每夜则痛哭咆哮，闻有声而逐有影”。死人太多，白天已可见城中处处鬼影，真令人毛骨悚然。
谷应泰在《明史 纪事本末》卷78中说当时“京师内外城堞凡十五万四千有奇，京营兵疫，其精锐又太监选去，登陴诀羸弱五六万人，内阉数千人，守陴不充”。京营兵士在遭受鼠 疫侵袭之后，元气大伤。以至于北京城墙上，平均每三个垛口才有一个羸弱的士兵守卫，怎么能抵挡李自成精锐之师的进攻。事实上，北京城是不攻而克的。
崇祯十六年，天津爆发肺鼠疫流行，上引同一份清代档案说：“上天降灾，瘟疫流行，自八月至今（九月十五日），传染至盛。有一二日亡者，有朝染夕亡者，日每不 下数百人，甚有全家全亡不留一人者，排门逐户，无一保全。”……一人染疫，传及阖家，两月丧亡，至今转炽，城外遍地皆然，而城中尤甚，以致棺蒿充途，哀号 满路”，一片悲惨凄惶。奇怪的是，李自成的军队转战南北，文献中不见这些人死于瘟疫的记载。
河南北部也是崇祯年间的鼠疫流行区，在汝州郏县、开封府的阳武、荥阳、通许、商水以及河南府、彰德府、归德府等地都有鼠疫流行的记载。如在阳武县，“瘟疫大作，死者十九，灭绝者无数”；在荥阳县，“春大疫，民死不隔户，三月路无人行”。人口死亡也是相当惊人的。据估计，明代万历和崇祯二次鼠疫大流行中，华北三省人口死亡总数至少达到了l000万人以上。由于鼠疫的流行与旱灾、蝗灾及战乱相伴随，所以，这一时期华北人口的死亡数应当更多。因此清兵能顺利入主中原就不足为奇了。