冯玉祥于下令逮捕原财政总长王克敏和总统府收支处长李彦青等贪官污吏。王闻讯逃入租界，李拒绝交出赃款，遂被枪决，对此人们拍手称快。随后，冯又将大贪污犯曹锟之弟曹锐押解到案，令曹锐交出赃款，曹锐畏罪吞服鸦片自杀。冯玉祥又接受张绍曾的建议，成立以黄郛为首的摄政内阁。总统和总理的职权，由黄郛一人兼任，黄还兼任交通、教育两部总长，王正廷兼任外交、败政两部总长，王永江为内务总长，李书城为陆军总长，张耀曾为司法总长，杜锡圭为海军总长，王乃斌为农商总长。黄郛、王正廷都是冯军回师举行政变的内幕人物，因此，这个内阁是以冯系为核心。
王承斌到公府劝曹锟辞职，曹即向国会提出辞职咨文，并令内阁摄行总统职权。曹锟看到前来逼他下的人，就是1923年劫车夺印捧他上台的王承斌，不由得百感交集，十分难受。吴佩孚接到冯玉祥通电，虽然大吃一惊，但又疑心是张作霖捏造出来的假电报。他查明属实后，又怀疑胡景翼未必加入冯军，即命胡为第三军总司令以代冯，叫张敬尧去胡部传达命令。胡把这个倒霉使者扣留起来。
一切真相大白，吴佩孚才心慌意乱地把前方作战的任务交给张福来主持，自己率领精兵七八千人回救北京。吴急电南方直系将领率兵北援，不料京汉、津浦两线受阻，无法应援。
冯玉祥、胡景翼的军队已开到廊坊，准备进攻天津。张绍曾为避免战祸，出面调停，劝吴佩孚接受“和平救国大纲”。吴的态度仍然十分倔强，不肯罢休。双方军队在杨村一带开战。此时阴雨连绵，杨村一带除铁路两旁及永定河堤等高地外，尽是一片汪洋，作战十分艰难。开战后，双方相持一天，不分胜负。冯派刘郁芬、蒋鸿遇两旅，迂回到吴军后方，从吴军背后进攻，又派李鸣钟由丰台抽调部队，协助正面进攻。张之江、石友三、谷良友部，协助李云龙旅，一致向吴军摆出攻势。此战生俘了吴部的旅长潘鸿钧以下数千人并乘胜进击。
冯军占领了津浦铁路沿线的天津附近的北仓，随后占领天津。国民军攻占天津后，吴佩孚仍作困兽之斗，把司令部移驻军粮城。胡景翼军如果向前推进，和奉军两头一挤，吴佩孚即无处可逃。但冯玉祥、胡景翼接受了张绍曾的劝告，给吴佩孚放一条生路。
吴军残部在军粮城两头被包围。吴看到只有从海上逃跑一条路，大哭一场，在英国军舰掩护下，由大沽乘海军运输舰南逃。经上海转武汉，后又回到洛阳重整旗鼓。但吴从此元气大伤，未能再抖起昔日的“威风”。
冯玉祥一贯痛恨封建帝制，北京政变后，决心以全力，行其素志，把溥仪逐出宫去。摄政内阁作出修正优待清室条件，永远废除皇帝专号，将故宫一律开放，备充国立图书馆、博物馆之用。冯玉祥当天就令北京警备总司令鹿钟麟和警察总监张璧执行，将宫内太监470余人、宫女百余人分别给资遣散，又用汽车5辆，送溥仪及清室“后妃”移居什刹海“醇王府”。
溥仪偕同郑孝胥、陈宝琛两人，由“醇王府”逃往日本公使馆，不久，又从日本公使馆逃往天津日租界。冯玉祥电请段祺瑞出山，称：国民军大元帅一席，非公莫属，万恳俯念国难方殷，国民属望，即日就职。
段祺瑞入京，就任中华民国临时执政。黄郛的摄政内阁遂告结束。段任临时执政后，一批批安福系余孽联袂入京，政局急转直下。奉系军阀张作霖背弃与冯玉祥达成的“奉军不得入关”的协议，将大批奉军开入关内，以图乘机扩大地盘，觊觎北京。段祺瑞和张作霖互相勾结，联合排挤冯玉祥。冯玉祥认识到拥段出山是个错误，称为“失之毫厘，谬以千里!”断送了北京政变的全功，十分懊悔，表现为万分消极。冯玉祥感到糊糊涂涂混下去，岂不是为强盗马贼当伙计?国民军第二军将领岳维峻、邓宝珊向冯玉祥献上一计：趁张作霖、张学良父子俩只带少数卫队在北京之机，举行暴动，把他们父子俩捉住枪毙，以快人心，而戡祸乱!
冯认为这样做会激起奉军异动，酿成混战之局，日本会趁机进占东三省，不同意此计。
皖系卢永祥企图恢复江苏地盘，怂恿奉军南下，而吴佩孚又企图北上实行报复。冯面临着奉、直、皖几方面的军事压力，决定辞职下野回避矛盾。
1925年元月
段祺瑞一方面借助张作霖的军事力量扼制冯玉祥，另一方面又感到如果没有冯的军事力量，自己就会受奉张摆布。因此，他对冯的辞职坚决挽留，并对冯部略施抚慰手腕，于1925年元月任命冯玉祥为西北边防督办。
段祺瑞一方面拉拢冯，不让冯下野，另一方面怂恿奉系的李景林以督办直隶军务的名义，迫使国民军第三军孙岳部让出保定、大名等地，将冯与孙岳的联系切断。又命令国民军第二军胡景翼率师南下攻击吴佩孚;同时密令刘镇华的镇嵩军憨玉琨入豫，以牵制国民军第二第三军。 胡景翼部队打败吴佩孚部队后，又在孙岳的帮助下，打败了憨部。冯玉祥保荐孙岳督陕，胡景翼部收编了吴佩孚部的王为蔚、陈交钊、田维勤等。
冯玉祥赴张家口就任西北边防督办职。冯本来就任陆军检阅使并兼有西北边防督办名义，无形中失去了检阅使名义。
冯玉祥经过国民党人徐谦的介绍，认识了共产党人李大钊。以李大钊为首的中共北方区委。在北京政变后，便定了争取国民军，打击段祺瑞、张作霖的革命策略。
李大钊、徐谦介绍冯玉祥与苏联驻华大使加拉罕会晤。
李大钊设法使冯玉祥振作起来，劝他不要消极。苏联方面也认为，只有冯玉祥振作起来，国民军才有可能形成中国北方一支反帝反军阀的力量，国民军也感到必须有老冯出山支撑着局面，才能争取到有利的军事、政治形势。
通过李大钊、徐谦和加拉罕的协商，由冯军和胡景翼军、孙岳军各选派25名青年军官到苏联军多学院学习。冯又从学兵团挑选15名优秀连排长，进入苏联基辅军官学校学习。之后，冯玉祥又派参谋长熊斌率团级军官鲁崇义等，赴苏参观。
1925-3月
冯玉祥又根据李大钊的建议，向苏联政府请求派遣专家和援助武器。1925年3月，苏联派来了两个军事顾问组，共约三四十位顾问，各类专门人才具备，到国民军担任教官。冯玉祥在苏联专家的帮助下，在丰镇厅建立了骑兵学校、在平地泉建立了炮兵学校，随后在张家口成立了高级军官学校，又在张家口建立了机枪学校、反间谍工作学校，小型通迅学校、小型工兵学校。苏联顾问还帮助国民军建立了军械工厂，装备了修理厂，建造了弹药生产设备，培养了一定数量的技师，提供图纸，并具体指导建造了第一批装甲列车。在一年多的时间内，苏联援助国民军大批军火和装备，其中有步枪、子弹、马刀、大炮、山炮、手榴弹、机枪、迫击炮、火焰喷射器、以及飞机等。
冯玉祥还采纳了李大钊的建议，建立军队中的政治工作，设立俱乐部作为政治工作的基地。冯玉祥委托李大钊、徐谦负责领导国民军的政治工作。12名国民党员和苏联顾问在俱乐部内讲课。
冯玉祥在拥护段祺瑞出山的同时，电请孙中山北上主持国事，又派马伯援持亲笔信南下，迎接孙中山。孙中山是反直三角同盟中的一员，段祺瑞、张作霖也先后邀请他北上讨论时局问题。孙中山接受了共产党关于乘机宣传革命的建议，决定北上。