扶苏夸讲这些人“诵法孔子”，宣扬他们学儒这个优点，以便得到饶恕。也就是说，在扶苏和他老爹之间存在着这样一个假设前提：学儒、学孔子的是好人，所以请饶了他们吧。可见大秦朝和秦始皇并没有一贯把儒者列为打击的对象，否则扶苏能这么夸人来救人吗？换句话说，如果“学儒”是他们的罪名，秦始皇专意是要“坑儒”，扶苏还用这样的“罪名”为他们求情，岂不是脑袋进水了。
秦王朝虽然历来倡导法家，没有抬尊儒者，但也并没有要灭绝儒家。事实上，秦始皇、秦二世身边一直都有很多儒者色彩的“博士”。秦始皇与人的对话，在《史记》的记载中，除了与丞相等人，主要就是与这些儒者色彩的博士了，可见这些博士地位蛮高，常能在御前议事，而且丞相王绾等人身上，也带着鲜明的儒家特色。秦始皇在泰山琅等处的刻石文字也表达了对儒家学说的敬重，其中很多言辞是典型的儒家术语，譬如“专隆教诲、男女礼顺”。后来即使到了秦二世时代，陈胜吴广起义了，对于这样的大事，胡亥还曾召“博士诸儒生”问对策，有博士诸儒生三十余人上前回答问题，可见儒生是一直不同程度地参与到秦政府的高级决策层的。
总之，秦始皇并不是有意要与儒家为难。这四百六十人被秦始皇坑杀了，是因为秦始皇痛恨他们像卢生那样欺骗或者散布诋毁秦始皇的话，犯了诽谤罪，而并非惩罚他们学了儒。秦王朝并没有专意要“坑儒”，最多是坑了政见不合者，而且只是这一次行动。
实际上，“坑儒”一词是很晚出的很不严谨的一种说法，《史记》里原本说的是“坑术士”，另一个汉朝人伍被也说是“杀术士”。至于后代司马光、苏东坡这些比较严谨的文人，也都是说“屠术士”。