在康熙五十二年，康熙帝曾对诸王贝勒大臣们说：“忆及数事，朕若不言，无敢言之人，非朕亦无知此事者……我朝从征效力大臣中，莫过于鳌拜巴图鲁者……鳌拜功劳显著，应给世职。”由此可以看出，康熙是知道鳌拜的功劳很大的，但是他还是想尽了办法吧鳌拜擒获，并且把他软禁至死。结果最后却为他平反，雍正帝即位后，“赐鳌拜祭葬，复一等公，世袭罔替”，并于雍正九年加封超武公。这些都说明，即使是在清代，鳌拜也不是奸臣，而是被清帝褒奖的有功之臣。鳌拜为什么最后会被康熙皇帝处置清算呢?是因为他功高震主，切独擅专权，与康熙皇帝的君权形成激烈的冲突。
大家都知道鳌拜代表着满洲关外旧臣的势力，长期把持着朝政;但随着康熙皇帝日渐长大，围绕在皇帝身边，新的满洲贵族也在不断壮大，形成了以康熙帝为核心，康亲王杰书、安亲王岳乐、大学士明珠、索额图等组成的新的势力集团，他们并了解也不留恋关外的生活，一心想的就是统治全中国。两个集团相争的结果，就是皇权的胜利!鳌拜在清朝算是三朝元老，他辅佐了三代帝王，在太宗、世祖两朝都是战功赫赫的勇士和将领，特别是在太宗病逝、世祖即位的问题上，鳌拜带领两黄旗将士坚定地站在了“立太宗子”的立场上，并从未向多尔衮屈服过。
所以在多尔衮死后的顺治八年正月，鳌拜被升为议政大臣;闰二月，又以军功而得嘉奖。从此，作为内大臣之一而常伴顺治帝左右，直接参与管理国家各类事务。直到顺治十八年正月，顺治帝病逝。1661年，顺治帝病逝于养心殿，8岁的皇子玄烨即位，为康熙帝。按照顺治帝的遗诏国家政务由索尼、遏必隆、苏克萨哈、鳌拜四大辅臣代为掌管。
但是顺治帝万万没想到，随着辅政时间的推移，康熙帝的长大，康熙皇帝与辅臣之间的矛盾日渐激烈!在四大辅臣中，逐渐专权的就是鳌拜!本来，按照顺治帝的遗命，索尼位列四大辅臣之首，本应发挥首脑作用。但是，从努尔哈赤时代就开始追随皇帝左右的索尼，此时已是历经四朝，年老多病，力不从心了。
而遏必隆生性懦弱，且与鳌拜交好，苏克萨哈虽说是公主的儿子，出身高贵，却因曾是多尔衮的旧部，不为众人所服。这样，鳌拜的权力就越来越大，开始了结党营私，日益骄横的生活!鳌拜的骄横专权到了何种地步，可以从以下几个事件中看出一般：
第一，新年朝贺的时候，鳌拜也是身穿黄袍，头带与康熙帝同式样的冠冕，仅在帽结处与康熙帝有所区别!
第二，鳌拜为了打击正白旗势力掀起了“圈地运动”。什么是圈地运动呢?就是当初清军进关时划给了八旗很多的土地，但鳌拜为了打击正白旗的苏克萨哈，借口当年多尔衮把镶黄旗应得之地给了正白旗，就私自把正白旗的地划到了自己的旗下，看看，就是这么的猖狂!这件事情闹到了康熙那里，所以康熙就派大臣去查这件事情，但是几位大臣的公正惹恼了鳌拜，竟然被鳌拜假传圣旨，杀了三位大臣及家人百余口!
第三，并且在早朝时，大摇大摆地走上金銮殿，傲慢地对康熙皇帝说：“启禀万岁，苏纳海违背圣命，拨地迟误，并勾结朱昌祚、王登联妄奏欺君，均已被臣逮捕处死!”
而且最猖狂的是他在早朝上告诉康熙皇帝苏克萨哈要谋反，并希望杀了他，康熙帝与之争辩，鳌拜便在庙堂之上与康熙帝争吵起来，并三步并两步地冲上御案，抓住康熙帝的龙袍，恐吓道：“我说杀得就杀得，你小小年纪知道什么!”说完，便扬长而去，并立即传旨绞死了苏克萨哈，灭其全族!
此事之后，鳌拜的擅权终于彻底激怒了康熙帝，从而使康熙帝及孝庄文太后下定决心要除掉鳌拜了!所以鳌拜就这样被康熙擒获了，康熙帝开列给鳌拜三十条罪状，其中与结党擅权有关的就有二十二条，另有不尊太皇太后二条，对册立皇后妒忌、私买奴仆等五条。
可见，鳌拜最终获罪的原因，还是他结党营私、擅权专横，阻碍了皇权的高度集中，与君主的乾纲独断形成了强烈的矛盾，而不是他有叛逆篡位之嫌。