但随着噶尔丹策零的死，准噶尔又爆发了夺位之争，严重削弱了自身实力。乾隆帝此后再次用兵，并派出大将兆惠为帅。至1757年，兆惠率军占领乌鲁木齐，此后他又平定策妄阿拉布坦的外孙阿睦尔撒纳的叛乱，彻底将准噶尔部平定。不久新疆又爆发大小和卓的叛乱，清朝为巩固在新疆的统治，设立伊犁将军、塔尔巴哈台领队大臣等职务，将新疆正式纳入中央朝廷的直辖统治之下！
