何应钦又派陆军总部工兵指挥部马崇六和七十四军军长张灵甫，找到当年建墓的专家，经过认真研究，命南京某部工兵营用了150公斤德制TNT炸开墓壳，劈开棺材。炸坟是秘密进行的，提前三天，往中山陵方向的交通即被封锁，对外放风说是为了抓汉奸。工兵爆破分两步，第一步炸开外层混凝土，第二步炸开内窖。工兵们从墓基下打入一条地坑，然后在坑内装上大量炸药。引爆时，只听得一声巨响，泥石飞天，坟壳裂成数块。开棺时，由当时的南京市市长马骏超亲自检查，发现棺内的尸体经防腐处理、依然保存完好。
另外，除了陈璧君亲手盖上的“魂兮归来”的白幡外，还发现一本汪精卫手抄的诗稿，虽已发霉，但字迹还可辨认。稿本中的多数诗作，先前都曾在一些报刊上发表过，只有最后一首《自嘲》，字迹歪歪斜斜，不具年月，估计是汪精卫死前的绝命诗。诗中写道：“心宇将灭万事休，天涯无处不怨尤。纵有先辈尝炎凉，谅无后人续春秋。”
汪精卫的尸体随后连同棺材被运往清凉山火化，骨灰被丢弃于路边的一个水坑里。工兵营当夜平整好坟地，在坟地上建了一座小亭，两边修建了长廊，随后又种上花草树木，使这里成为一处风景点，与中山陵遥相映衬。