对清朝
清军平定准噶尔贵族分裂叛乱战争的胜利，不仅维护、巩固了西北边陲，消灭了准噶尔贵族分裂势力，而且也打击了沙皇俄国侵略中国准噶尔的野心，对于以后挫败帝国主义勾结利用民族败类分裂祖国的阴谋，捍卫西北边疆的斗争，产生了良好影响。
清军之所以取胜，首先，清军进行的是维护祖国统一、反对准部贵族分裂叛乱的正义战争，因而得到各族人民也包括准噶尔人民的支持。其次，清廷剿抚并用的策略运用的比较成功。第三，清廷此时内部稳定，国力强盛，军队纪律严明，战斗力较强。第四，在战争指导上，能依据客观情况，制定出切合时宜的作战方针;康熙帝强调战前必须有周密的谋划和充分的准备，以期于必克;作战时，要因情用兵，相机而行。为此，提出了"虚己以视机宜"的主张。"虚己"，就是因情应变而不固执己见。在战争中，他总是给予前线将领相机处理兵事的权力，反对凡事请旨而行。 康熙帝针对作战地区地理条件的特点，认真作好战争准备，注意发挥骑兵快速机动作战的能力和发挥火器部队的作用。
对准噶尔
噶尔丹彻底地失败，这固然与噶尔丹在政治上树敌过多，军事上孤军深入等一系列决策上的失误，以及他与之争斗的对手康熙皇帝和清王朝过于强大有关。最可悲的是噶尔丹与俄国交往的政治、外交实践的失败。噶尔丹本想借俄国力量达到自己与清王朝抗争的目的，但却被俄国利用，反成了俄国与清朝政府讨价还价的筹码。
另外，噶尔丹与之对阵的不是弱国庸才，而是国势兴旺的清王朝和雄才大略的康熙帝。康熙面对咄咄逼人的准噶尔铁骑，首先在外交方面，对正在进行的中俄尼布楚谈判的方针作了调整，康熙指示，俄国“若恳求尼布潮(即尼布楚)，可即以额尔古纳为界”。《中俄尼布楚条约》的签订，使清政府在外交上赢得了主动。加之俄国政府从尼布楚条约中获得实利，俄国的最高当局远非如前一时期那样，急于与噶尔丹建立联盟，而是采取口头上的支持，行动上敷衍的政策，并很快将戈洛文从西伯利亚调回莫斯科。1693年8月俄国政府还向各关卡监督发出训令，严禁向卡尔梅克人输出军火。
当然，清军平定叛乱的战争所以延续70年之久，除了沙俄极力插手和支持叛乱者以及民族关系等原因，增加了战争的复杂性外，清军在作战指导上的一些失误也是重要原因(如清朝统治者对准噶尔抱有很深的敌视和不信任心理)。而准部贵族在沙俄支持下掀起的民族分裂叛乱战争，是违背各族人民利益的不义之战，必然遭到各族人民的强烈反对，政治上的不得人心，及其统治集团内部的争权夺利和军事上存在许多不可克服的致命弱点，决定了其失败是必不可免的。