起义初期
乾隆四十年(1775年)，河南白莲教支派混元教首领刘松起义失败，弟子刘之协、宋之清等继续于川、楚、陕等地传教。五十八年，刘之协于河南被捕后脱走，清廷通令大索州县，激起民怨。白莲教以"官逼民反"相号召，得到广大农民的支持，教众迅速发展。
乾隆六十年，湖北各地白莲教首，秘商在“辰年辰月辰日”(嘉庆元年三月初十)共同起事，让教徒制备刀把火药。白莲教的迅速发展和其反清内容，引起了清政府的严重不安，遂下令大规模搜捕白莲教徒。大批教首、教徒被捕遇害，地方官则以查拿邪教为名，行敲诈勒索之实。“不论习教不习教，但论给钱不给钱”，“不遂所欲，即诬以邪教治罪”。各地教首遂以“官逼民反”为口号，号召教徒奋起反抗。嘉庆元年正月初七(1796年2月15日)，湖北宜都、枝江一带首领张正谟、聂杰人等因官府查拿紧急，被迫提前举义。长阳、来凤、当阳、竹山等县教徒接踵而起。三月初十，襄阳地区的教徒，在王聪儿、姚之富等率领下，按原定日期起义。各路起义军，互不相属，各自为战，所据山寨或县城，多被清军各个击破。唯有襄阳起义军采取流动作战的策略，力量迅速壮大，成为湖北起义军的主力。在湖北白莲教起义影响下，四川各地的白莲教徒也纷纷响应。九月，达州教首徐添德，东乡(今四川宣汉)教首王三槐、冷天禄等皆各率众起义。
发展阶段
二年初，襄阳起义军又开始了大规模流动作战，转战于湖北、四川、河南、陕西，后分三股进入四川。清军只尾随其后，疲于奔命。七月，四川起义军被清军围困，襄阳起义军赶到解围，在东乡与四川起义军会师。各路起义军按青、黄、蓝、白分号，设立掌柜、元帅、先锋、总兵等职。然而，小生产者固有的分散性与保守性，使起义军并未真正联为一体，各股仍然各自为战，分散行动。
三年三月，襄阳起义军在湖北郧西被清军包围，首领王聪儿、姚之富跳崖牺牲，余部仍继续斗争。四川起义军也受到重大损失。余部在张汉潮等率领下，与四川义军联合。
四年，清廷以勒保为经略大臣，明亮、额勒登保为参赞大臣，节制川、陕、楚、豫、甘五省官军进击，并晓谕州县办团练，依山隘寨堡，扼守要路，坚壁清野，攻抚并施，使义军处境艰难，张汉潮等相继牺牲。年底，义军首领冉天元率部由陕返川，大败额勒登保部。
五年正月，又联合各路义军抢渡嘉陵江，于蓬溪再败清军，斩总兵朱射斗。不久，集兵江油，以伏击再败清军，后因地主团练增援，冉天元被俘杀，余部万余人南下川西腹地，成都戒严