五年三月以前，起义军处于发展、壮大阶段。起义军因得到各地人民的支持，所到之处，“有屋舍以栖止，有衣食、火药以接济，有骡马刍草以夺骑更换”，且有各地教徒“为之向导负运”，多次重创清军，嘉庆五年四月四川江油马蹄冈战役以后，起义始转入低潮。人数从十几万减至几万人，许多重要将领相继牺牲。清政府的“坚壁清野”与“寨堡团练”之策，已逐渐推广并发挥作用。通过筑寨堡、并村落，令百姓移居其中，将民间粮秣给养充实其内，又训练丁壮，进行防守，从而切断了起义军同人民间的联系，使之无法得到粮草与兵源的补充，力量日渐枯竭。
嘉庆六年下半年，起义军活动基本上只限于川楚陕边境地区，转战在万山老林之中，人数已不超过两万四千，而围剿的清军，则十倍于此。起义军在极端艰苦的条件下，坚持战斗，至九年九月，起义终告失败。
影响
这次大规模起义耗费了清朝政府十六省的数十万军队，并导致十余名提督、总兵等高级武官及副将以下400余名中级武官阵亡。据统计，清朝前后投入超过两亿两白银，相当国库五年财政收入，使国库为之一空，“川楚之役，则诸将会饮，虽深箐荒麓间，蟹鱼珍错辄三四十品，而赏伶犒仆之费不与焉。凡粮台地，玉器裘锦成市，馈献、赂遗、赌博，挥霍如泥沙”。八旗、绿营等清朝正规军之腐朽在起义中暴露无遗，清政府被迫依靠地方团练镇压起义。
乾隆后期，由和珅带头贪渎，各种社会矛盾激化，官僚大肆兼并土地，贪官污吏横行。川楚教乱标志着清朝走向衰落的开始。川楚教乱平乱不久，直隶、河南、山东诸省又发生天理教领导的癸酉之变。