准噶尔兴起
准噶尔部是厄鲁特蒙古的分支，明清之际兴起于巴尔喀什湖以东伊犁河一带。清朝初年，准噶尔首领巴图尔珲台吉及其子僧格曾遣使入贡。僧格弟噶尔丹继位后，依旧向清廷称臣。
康熙十八年(1679年)，噶尔丹得到五世达赖喇嘛授予的“博硕克图汗”称号，上疏要求清廷确认其汗号，并授予敕印。然而噶尔丹并非成吉思汗黄金家族后裔，按照蒙古传统，不可使用可汗称号。理藩院以厄鲁特部称汗者不得入贡的先例为辞，指斥噶尔丹“擅称汗号”，但又准许其纳贡。此后数年间，噶尔丹出兵降服了天山南路的叶尔羌汗国，征服吉利吉思(布鲁特)、费尔干纳盆地，击破哈萨克部落，开始称霸中亚。
喀尔喀内乱
清初，游牧于漠北的喀尔喀蒙古分为三大部落：札萨克图汗部、土谢图汗部、车臣汗部，被称为“外喀尔喀”，即清末之外蒙古。三部首领为“汗”，臣属于清朝皇帝，但不受内地官员的直接统治。
康熙二十三年(1684年)，札萨克图汗部发生内乱，部份属民逃往土谢图汗部。新即位的札萨克图汗成衮向土谢图汗察珲多尔济索要逃逸人口，察珲多尔济不与，二人反目成仇。不久成衮卒，其子沙喇继位。康熙二十六年(1687年)，噶尔丹与沙喇结盟，共同对抗土谢图汗部。察珲多尔济侦知沙喇动向，于是联络阿拉善的罗卜藏衮布拉布坦，决定先发制人。
康熙二十六年(1687年)秋，土谢图汗察珲多尔济领兵一万出击札萨克图汗沙喇，将其杀害，喀尔喀陷入内战。噶尔丹之弟多尔济扎布也被察珲多尔济、罗卜藏衮布拉布坦联军所杀。噶尔丹乘机挥师东进，意欲将喀尔喀三部置于准噶尔统治之下。