清廷在平叛战争结束后，没收藩产入官充当军饷，撤藩回京师。除吴三桂部调往边区站、台服役外，其余各部重新编入八旗。福州、广州、荆州派八旗兵驻防，广西、云南派绿营兵镇守，彻底消除了藩镇制。此外，这次平叛战争的胜利，意味着受“三藩”割据之害的人民的解放，给这些地区的社会经济的恢复和发展提供了必要的条件，从而有利于边疆和内地经济、文化的交流。
之后，又于公元1683年灭亡了台湾的明郑政权。至此彻底消灭了南明的抗清实力。从此有组织的反清复明运动不复存在。此后，清廷才开始从事行政和财政经济的调整改革，然后致力于解决边疆问题。
这次平叛战争的胜利，清除了地方割据势力，避免了一次国家大分裂，有利于多民族统一国家的巩固和发展。同时中央集权制力量得到加强，提高了抗御外敌的能力。
吴三桂等人发动的起事，虽然打出了“兴明讨虏”的旗号，赢得了不少汉人和对满清朝廷心怀不满的人支持，得以在短短的时间内席卷长江以南地区，但由于他曾经亲手引清军入关，亲手杀害永历帝，实乃无以自圆，所以并未得到大多数人的支持。再加上其根本目的在于搞分裂割据，起事诸将皆为其朋党，吴三桂一死，登时土崩瓦解。所以其失败是必然的。
康熙能够以史为鉴，认真吸纳历史的经验教训，首先制定一个比较完整详细的撤藩计划和被撤藩的藩王的待遇安排等等，历时八年的“三藩之乱”本来是可以避免的。