天启年间，东林党由于扶持熹宗即位有功而命运出现了转机，当时的首辅刘一景、叶向高，吏部尚书赵南星，礼部尚书孙慎行，兵部尚书熊廷弼，都是东林党人或东林党的支持者，可以说明朝的军事、政治、文化、监察和人事大权全都被东林党人掌握，他们从在野的清流成为了主持朝政的主要力量，《明史》记述此时“东林势盛，众正盈朝”。按理说，这是他们治理国政的最佳时机。然而此时，东林党人与阉党集团之间因朝政争论相互攻击达到不可调和的地步。
阉党是以魏忠贤为核心人物的宦官集团。熹宗不喜欢管理朝政，只喜欢木工，经常沉溺于此，不觉厌倦。而魏忠贤总是等熹宗做木工的时候故意拿出一大堆奏章出来让熹宗批阅，而熹宗这时总是不耐烦地让魏忠贤去处理，时间长了，朝中大小事务都要先请示魏忠贤，魏忠贤也就执掌了朝政大权，被东林党排斥的齐、楚、浙诸党争相依附形成了强大的力量。魏忠贤排斥异己、收罗爪牙，建立了遍布各地的特务网络。朝中巴结魏忠贤的人也越来越多，魏忠贤被人称为“九千岁”。
阉党的行为引起了正直官员的痛恨。杨涟上书陈述魏忠贤的二十四条罪状，但是反而被罢官，从此，魏忠贤就对东林党人恨之入骨。天启五年(1625)，魏忠贤对东林党采取了残酷的镇压行动，他借熊廷弼事件，诬东林党的左光斗、杨涟、周起元、周顺昌、缪昌期等人有贪赃之罪，大肆搜捕东林党人，许多著名的东林党人冤死狱中。天启六年，魏忠贤又杀害了高攀龙、周起元、周顺昌、缪昌期、周宗建、黄尊素、李应升7人，东林书院被限期全部拆毁，讲学亦告中止。
曾经掌握朝政的东林党，在短短四年后就被宦官魏忠贤驱尽杀绝，全部覆没，这主要是由于他们在掌握政权的时候坐失良机。作为当权的群体力量，他们没有赶快拿出一套行之有效的治国方案，又对阉党丧失警惕，提出了一个“笼络群阉”的错误政策，姑息养奸，试图劝告魏忠贤不要干政，这显然是没有用处的。面对着日益强大的阉党，他们不用武力做后盾，在阉党步步紧逼的时候，一味息事宁人，妥协退让，所以很快丧失了在朝中的优势地位，被阉党轻而易举地消灭。
崇祯帝朱由检即位后，惩处了魏忠贤为首的阉党集团，同时昭雪平反东林党人冤案，并下旨修复东林书院。东林党人虽然又一度入阁，但不久，到袁崇焕被捕治罪以后，东林党人又被迫退出内阁。
从表面上来看，明朝的统治者消灭了一群不安分子，保证了当权者的权位，是统治者的胜利，但是对王朝而言，与其说是凯歌不如说是挽歌，像东林党人这样不惜一己安危，用自己的信念和道义来扶持王朝，挽救世道，最后却被他们所信任和效忠的统治者所屠杀。一个封建王朝到了靠屠杀忠臣以维持一时的所谓“稳定”时，这个王朝的末日也就来临了。万历皇帝(包括之前之后的一些皇帝)利用宦官掌握政权，打击奉法的士大夫，一些有识之士纵有忧国忧民之心，也束手无策。明朝皇帝可以说是自毁长城。
然而历史是公正的，东林党人并没有因为一时受当权者的打击而被历史所掩盖。尽管东林党人自身带有很多局限性，并不是完美的，甚至是有很多缺陷的，但是近代以来，东林书院一直被广大人民所爱护，并在官方和民间多种力量的支持下多次修缮，成为爱国人民，尤其是爱国知识分子的瞻仰凭吊之地。人们看到顾宪成撰写的那副对联，就会联想到东林学者提倡的关心国事、廉洁奉公、关心民生的优秀学风，以及抗击权贵、革新时弊的不屈斗争精神。