明弘光元年(1645)五月初九，清军破南京，弘光帝南逃。三十日，县令钱默出逃。
六月二十四日，清朝授县令张维熙到任。是日，明嘉定总兵吴志葵率百人，白布裹头，昼伏东门外时家坟，晚间各持火把逼近县城，扬言捉拿张维熙，张逃之夭夭。二十七日，吴志葵再临县城，士民夹道迎接复明之师。
闰六月初七，明降将李成栋部骑兵路过境内新泾桥，大肆奸淫妇女，致死7名。初八，李成栋亲率兵船百艘、马步兵2000余名停泊县城东关，大肆奸掠。初九，李率兵去吴淞，留偏裨将梁得胜等300名守护兵船。
十二日，清军下剃发令，群情激愤，远近乡兵，竞相围攻李成栋船队。船只及所掠财物悉数焚毁，斩杀清官兵84名。
十五日，李成栋去太仓求援，行至罗店又被乡兵追杀，伤亡惨重。于是，李成栋疯狂纵兵报复，滥杀无辜。
十七日，明都察院观政、进士黄淳耀及弟渊耀，与前左通政侯峒曾及子元(玄)演、元(玄)洁倡议守城。
十八日黎明，李成栋率兵攻罗店，支洪、陆文焕率乡兵抵御。李暗遣精兵东渡练祁，西渡荻泾，乡兵背腹受敌，退入镇内。时值早市，清军入镇屠杀。居民死难1604名。
十九日，黄淳耀，侯峒曾集众公议，决定划地而守，城上高悬“嘉定恢剿义师”大旗，自制各种武器，严阵以待。
二十五日，吴志葵遣游击蔡乔率兵200余名支援嘉定，扎营城外。
次日五更，遭李成栋伏兵袭击，蔡乔战死。李成栋引兵归吴淞过新泾桥时，纵火焚屋，鸡犬不留。
七月初一，各路乡兵10万余会集砖桥与清兵决战。清兵分左右两翼冲杀，乡兵大败，被追杀不计其数。李成栋部入娄塘镇后屠杀1073名，并纵兵奸淫妇女，不可名状。
初三，李成栋汇同太仓清兵攻城，日夜炮轰。
初四五更大雨滂沱，守城士民已露立三昼夜，饮食几绝，渐不能支。清兵趁机急攻，破东门涌入城内。侯峒曾仍坐镇城楼，二子急呼：“事急矣，何以为计?”侯峒曾答曰：“有死而已，所恨者枉送一城百姓耳。”急令二子离去，二子走数步又还。侯峒曾怒日;“我死国事分也，祖母在，若辈应代我奉事，恋我何为?”二子恸哭而去，至孩儿桥皆被杀。侯峒曾自沉宣家池(叶池)未死，遂被清兵杀害。 东门破，城中居民纷纷奔西门逃生，而清兵截段堵杀，居民投河死者无数。 时镇守西门的黄淳耀见大势已无可挽回，遂与弟渊耀骑马至早年读书的西林庵，对僧无等曰：“大师急避，某兄弟从此辞矣!”遂索笔疾书：“遗臣黄淳耀于弘光元年七月初四日自裁于西城僧舍。呜呼!进不能宣力皇朝，退不能洁身自隐。读书寡益，学道无成。耿耿不灭，此心而已!异日寇氛复靖，中华士庶再见天日，论其世者，当知予心。”书罢，见弟渊耀已缢梁间，遂缢其侧。 南门守将张锡眉，闻城破，偕妾投水死。身留绝命诗一首：“我生不辰，侨居兹里。路远宗亲，邈隔同气。与城存亡，死亦为义。后之君子，不我遐弃。”另有守城将领龚用圆、龚用广兄弟闻城破，拥抱恸哭曰;“我祖父清白自矢，已历三世。今日苟且图存，何面日见祖宗于地下?”语罢双双自溺而死。 辰时，李成栋入城下令鸣炮屠城。小街僻巷，无不穷搜。每遇一人，大呼献宝，献若不多，连砍三刀，物尽则杀。全城刀声砉然，嚎叫之声，动地惊天。悬梁者、投井者、断肢者、血面者，被砍未死，手足犹动者不计其数。骨肉狼籍，遍地皆是。投河自溺者不下数千人。三日后，自西门至葛隆镇，浮尸满河，行舟无处下篙。血污浮于水面，高出数分。妇女若容貌不佳者必杀，有美色者生虏，于街坊当众奸淫。若有不从，钉其手足。初六日，李成栋纠集民船300余艘，满载所掠金帛、女子、牛马猪羊驶往太仓。 嘉定被屠后，葛隆、外冈、马陆、杨行等镇乡兵复聚，再议抗清，誓不反顾，并时有偷袭斩杀清兵之义举。
二十六日五更清兵大队至葛隆，入镇后肆行屠杀，流血满地，并再屠外冈镇。
二十七日，浦峤、浦嶂率兵再屠嘉定，逢人便杀，不分老幼，所劫财物尽载太仓。
自闰六月初，嘉定人民自发起义抗清，两个月内，大小战斗十余次，民众牺牲2万余，史称“嘉定三屠”。