改土归流后，部分上层土司不甘心失败，时刻图谋复辟。而有些清军在新地区肆行抢掠，有的流官不善于经理，骤然增加赋税，兴派徭役，自身又贪赃勒索。加之新设营汛部伍大多从邻近地区抽调而来，致使原来地区力量空虚。这不仅使原土司有了叛乱的口实，也给了他们以可乘之机。
雍正十三年(1735年)春，贵州古州﹑台拱地区苗民上层鼓动百姓发动叛乱。叛乱者深入丹江﹑黄平﹑凯里等厅州县，雍正帝派兵镇压未果。乾隆帝继位后，任命张广泗为七省经略，于乾隆元年(1736年)平定叛乱，清廷下令取消新区赋税，按当地习惯审理民事纠纷，以巩固对改土归流地区的统治。雍正朝的改土归流还只是在西南少数民族的部分地区实行，未改流的地方还不少。(据，《清史稿》中华书局1986版，第十三卷，志九十五，食货一之户口田制，三四八二页有，乾隆二十二年“甘肃番子土民，责成土司查察”，可引为佐证。)
即使改流处，也还保留原土司的残余势力，他们仍能不同程度地控制原来的属民，但改土归流废除了土司制度，减少了叛乱因素，加强了中央政府对边疆的统治，有利于少数民族地区社会经济的发展，对中国多民族国家的统一和经济文化的发展有着积极意义。