北方与西北
清初蒙古分四大部。 其中准噶尔汗国与沙俄友好，其可汗噶尔丹灭领叶尔羌汗国与青海和硕特，又占领喀尔喀蒙古，喀尔喀三部南下投靠清朝。康熙帝时期首先派萨布素于雅克萨战役驱除入侵黑龙江的沙俄军队，与沙俄所签订的尼布楚条约以确立东北疆界并获得沙俄的中立。接着于1690年至1697年间乌兰布通之战与三征噶尔丹使噶尔丹战死，创立多伦会盟以保护喀尔喀蒙古，将喀尔喀蒙古并入清朝。
雍正时期于1727年与沙俄签订恰克图条约，确立塞北疆界。1729年雍正听从张廷玉建议，以傅尔丹与岳钟琪兵分二路于科布多对抗准噶尔汗噶尔丹策零，最后于和通泊之战战败。1732年噶尔丹策零东征喀尔喀蒙古，兵至杭爱山，被喀尔喀亲王策棱击败。1734年清准和谈，以阿尔泰山为界，西北大致和平。
乾隆时期西北准噶尔诸子争位。乾隆帝乘机于1755年派降将阿睦尔撒纳为引导，以定北将军班第率军平定准噶尔，攻下伊犁。而后阿睦尔撒纳想要成为新准噶尔之主，由于没有获得乾隆帝支持而叛变。乾隆帝派兆惠西征，最后于1757年平定天山北路，准噶尔亡，其族惨遭灭绝。然而在天山南路，脱离准噶尔统治的回部领袖大小和卓兄弟起兵反清，史称大小和卓之乱。其领袖布拉尼敦与霍集占占据喀什噶尔与叶尔羌，意图自立。1758年乾隆帝再命兆惠西征，兆惠率轻军渡沙漠围攻叶尔羌(今新疆莎车)，反被包围于黑水营。隔年清将富德率军解围，兆惠与富德最终攻灭大小和卓，并让帕米尔高原以西的中亚各国成为藩属国 。
青藏地区
青藏地区 的和硕特汗国协助黄教达赖五世击败红教统一全藏，之后分裂成青海与西藏和硕特。达赖六世时，藏区政事交由第巴(理事大臣)桑结嘉错管理，他联合准噶尔对抗西藏和硕特的拉藏汗，拉藏汗先下手杀桑结嘉错并废除达赖六世。1717年噶尔丹的侄子策妄阿拉布坦入侵西藏，攻杀拉藏汗，并且占领拉萨。清军与准军多次交战，最后于1720年由胤禵率军驱除成功，协助达赖七世入藏， 以拉藏汗旧臣管理藏区。
雍正初年青海亲王罗卜藏丹津意图复兴和硕特汗国而乱，隔年年羹尧与岳钟琪等人平定。为此雍正帝占领部分西康地区，又在西宁与拉萨分置办事大臣与驻藏大臣以管理青藏地区。
乾隆末年，尼泊尔的廓尔喀王国两次入侵西藏。1793年清廷派福康安与海兰察领兵入藏，平定廓尔喀，不丹与哲孟雄(今锡金)亦为藩属国，加强驻藏大臣的权力。
西南地区
雍正听从鄂尔泰建议推行改土归流，废除具自治性质的土司，以地方官管理少数民族。
乾隆初年派张广泗平定贵州苗民之乱，随后清军前往平定大渡河上游的大小金川(今四川金川县与小金县)动乱，史称大小金川之役。1747年到1749年期间发生大金川之战，清军于此吃尽苦头。1771年第二次金川之战爆发，大小金川的诺木与僧桑格均叛，清将温福战死，阿桂历经多次作战，直到1776年方平定。
弊端
清朝在夺取全国政权之后的很长时间内，一直把它征服的中华各民族看作被征服者，实行民族高压政策。强调满汉不通婚;筑起种族隔离墙，不准汉族去东北，不准蒙族平民入汉地。这就造成了民族歧视。 而改土归流虽然加强了国家对边疆地区的管理，但却加剧了中央与少数民族地区之间的矛盾，引起了多次边民起义，此外，改土归流亦只流于形式，仅是“换了官名，人还在，一姓土皇”。