雍正皇帝去世后，棺柩在乾清宫停棺十九天，九月十一日移停在雍和宫。当初，雍和宫为亲王府邸时按体制使用绿色琉璃瓦，乾隆元年(1736)把雍和宫的昭泰门、雍和门、雍和宫正殿、永佑殿、法轮殿等处，改换黄色的琉璃瓦，雍正帝的棺柩则放在永佑殿内。乾隆元年(1736)八月十七日，海望奏，今将中殿、后殿改黄瓦，殿内应行添建楠木神龛、供案等。办买木植砖灰绳斤颜料工价等项，约估银4,989两。乾隆皇帝将他父亲的影像供在永佑殿内，名为神御殿，添建楠木神龛、供案等。此外，每天都有喇嘛在雍和宫正殿和后殿(即法轮殿)诵经。
乾隆九年(1744)，皇帝将雍和宫改为喇嘛庙，成立了“雍和宫工程处”，负责修建工程及办买物料。雍和宫原是中国式的宫殿，为了符合西藏寺庙的样子，仿照故宫的雨花阁，在殿脊上建重檐的方楼，方楼上又安设舍利宝塔，宝塔样子属西藏式，方楼则是中国式。此项缮修费用由内务府银库支出，根据《内务府月折档》记载，十三年(1748)七月先领过银30,000两，十二月又领银20,000两，共50,000两。雍和宫的主要建筑形式维持宫殿的轮廓，窗门殿饰则用唐古忒式。
乾隆皇帝派三世章嘉呼图克图为管理京师寺庙喇嘛扎萨克，给银印一颗。呼图克图(hutuketu)或称胡图克图，即活佛或佛爷之意。章嘉活佛自九岁到北京，和乾隆皇帝一起读书，两人感情亲密。在《章嘉国师若必多吉传》中提到，乾隆十年(1745)，皇帝修习藏密，向章嘉国师说：“朕欲学习密法，请给我传授入乘法灌顶，还要把你的本尊神胜乐灌顶法传授给我。”章嘉为他举行隆重的灌顶仪式，给乾隆皇帝传授全部的“胜乐铃五神”灌顶法。灌顶时，皇帝请章嘉国师坐在高高的法座上，而皇帝自己坐在较低的座垫上，一直跪到灌顶结束。皇帝给章嘉国师奉献了一具镶满奇珍异宝的金质曼扎，并布施财物无算。乾隆皇帝又依次听受“吉祥轮胜乐深奥二道次教授及分支”等密法，坚持每天上午修证道次，下午修证胜乐二次第。每月初十日举行坛城修供、自入坛城、会供轮、供养等活动。皇帝学习佛法，跪在地上，顶礼章嘉国师的脚。如此尊宠，令人难以想像。
乾隆十五年(1750)，西藏第七世达赖感谢皇帝派兵平定西藏郡王朱尔默特那木扎勒的叛变，竭力在西藏搜罗古物和佛像。当时，廓尔喀国王(尼泊尔)从印度运来一棵白檀树，七世达赖用大量的珠宝把白檀树换来，从西藏运到北京。由养心殿造办处的广木作、木作、漆作、雕塑作、如意馆五处的工匠，会同中正殿办造佛像的喇嘛工匠，在察汉达尔罕喇嘛设计指导下，成做了一个高5.5丈的大佛像。为了安置大佛像，拆去观音殿，改建万福阁。大佛像全身贴满金叶，而且镶嵌珠宝，头上戴着金色五佛冠。此外，连成造镌胎漆金迈达里佛等，所有办买木石砖灰绳麻钉铁杂料及给发各作匠夫工价、运价按例销算银86,038.54两、赤金315.07两。该年，雍和宫万福阁前添建东西配楼两座，并西边修建庙宇成砌墙垣修理暗沟等项工程，实用银16,937.36两。又续添粘修东书院等处殿宇房间头亭，并修理吉隆胡图克图居住正房厢房，后楼围房添安板壁，挪安地罩，拆搭地炕祭器处，正房挑换椽望，顺山图房添砌院墙等项。
乾隆十七年(1752)，内大臣总管内务府大臣海望等奏准，粘修雍和宫殿宇、僧房，并东书院殿宇房间办买物料、匠夫工价，共领银3,667.64两。僧房又称为“连房”，就是喇嘛的宿舍，在昭泰门的东边，分东、中、西三路，每路10连，共30连。根据金梁的研究，这是乾隆皇帝修建雍和宫时，把雍亲王府南边太保街一带的民房，用官价收买而改建的。金梁在书中提到清末僧房和各佛仓的房屋共有643间的灰房和瓦房，及12间游廊的巨大数目，可以说是在北京城内首屈一指的大喇嘛庙。
雍和宫虽改为喇嘛寺庙，但雍和宫的后楼和东书院两区还保留雍正皇帝时代的器物。乾隆皇帝诞生于雍和宫东书院内的如意室，东书院内陈设雍亲王府时代的古玩器物。清朝皇帝在五月夏至节祭北郊的地坛后，必到东书院大和斋内吃芝麻拌面。东书院的“大块文章台”是雍亲王府内演戏用的戏台，北面的“五福堂”为府内眷属听戏用的看台。雍和宫后楼即第六进的绥成楼，楼内收藏着不少乾隆皇帝幼时用的玩具，紧接着绥成楼的东山墙叫“东顺山楼”，西山墙叫“西顺山楼”。乾隆二十七年(1762)的修建工程主要针对这些建筑，雍和宫东书殿宇、房座、游廊，并后佛楼房间，以及雍和宫庙宇、钟鼓楼、戏台、旗杆、栅栏等项。此项工程记载雍和宫的佛殿僧房数量：庙宇方座共49座，计214间;僧房130座，计919间;东书院殿宇房座共78座，计326间内;正座宫殿23座，计112间;游廊值房共55座，计214间;后佛楼殿宇房座共9座，计47间;西边关帝庙殿宇共7座，计21间。以上粘修佛殿僧房共1,157间，共约需银16,619.5两。三十一年(1766)又修理东书院、后佛楼等殿宇房屋，买办物料和匠役工价用银15,223.53两。
乾隆四十四年(1779)，六世班禅罗桑贝丹益西为庆贺乾隆七十岁大寿，特地从扎什伦布寺启程至京，次年(1780)九月到北京。乾隆命人修缮雍和宫的班禅楼、戒台楼及法轮殿，作为班禅莅临雍和宫礼佛时的休息和讲经场所。六世班禅和章嘉国师一同在雍和宫戒台楼给皇帝讲解“迅捷智慧六臂依怙随许法”，由章嘉国师译成蒙语，讲给皇帝听。该年十一月六世班禅因患痘，圆寂于西黄寺。乾隆命造办处成做六世班禅大师银像，供奉于雍和宫班禅楼内。法轮殿的右边为戒台楼，传说乾隆皇帝常穿上喇嘛的朝衣，披着大红绸的哈达，戴着金质五佛冠，或桃形黄帽，坐在坛台上静坐参禅，或讲经说法。众喇嘛围在他的左右前后，焚香顶礼，听他讲经，故此楼叫“戒台楼”。
乾隆四十四年(1779)修缮雍和宫，八月将雍和宫所有佛号俱添蒙古字书写四样字，又修法轮殿西边添建重檐戒台1所，以及拆卸旧有戒台殿3间，木戒台1座。除拣选旧料抵银4,578.23两，颜料纸张等项各处取用，官厂木植值银3,874.02两，其余办买石料砖瓦、工价等估银8,894.17两。乾隆四十七年(1782)，郎中连城文开奏准雍和宫、法轮殿、西边戒台殿改建重檐戒台殿一座，又改建药师殿等项工程，原估工料银23,172.03两，除领过银两外找领不敷银948.95两。员外郎连城文开奏准改建雍和宫、法轮殿、东边药师坛、照西边戒台殿样式、上檐、添周围廊、内檐装修等工，共领银8,286.8两，内有木植值银4,751.93两，照例由该工交纳圆明园银库归款。
乾隆五十二年(1787)修理雍和宫正面牌楼、天王殿前旗杆、昭泰门外牌楼等工程，取用官厂木植值银667两，工料银5,741.45两。乾隆五十三年(1788)住持喇嘛扎克巴丹达尔等报，雍和宫僧众居住房间，以及庙内围房看守房堆拨房共计954间，自乾隆三十八年(1773)粘修以后逾16年，尚可居住280间，其余674间糟坏不全、墙垣坍塌，应行修整。计昭泰门外西边围房56间，僧房40间、东边围房81间，僧房250间、东花园僧房82间、印上僧房14间、后井僧房37间、小庙僧房27间、办斋房5间、西阿斯哈门北夹道僧房53间、关帝殿6间、堆拨房18间，以上共房82座，计674间。应行拆瓦房585间，拆砌院墙699.7尺。粘修门楼32座、门口99座，并各座外檐油饬内里裱糊成搭棚座圈厂等项，除取用官厂木植值银6,737.59两外，净估需银22,072.14两。
乾隆五十五年(1790)粘修殿宇僧房共69间，包括雍和宫万福阁1座计7间、永康阁1座、延宁阁1座、飞仙游廊2座，并永佑殿两山穿堂2座，计12间，并安定门外下院小庙大殿3间、东西配殿6间、后殿5间、僧房5间等。所有估需银两奏请在广储司银库现存雍和宫香灯余存银两内照数支领，共约估银24,364.34两。
雍和宫目前仍是北京规模最宏伟的藏传寺庙，乾隆皇帝挹注经费超过三十万以上。相较之下，康熙时代修建五台山的寺庙，不过发内帑一千、三千两，经费极少，其寺庙规模和金碧辉煌的气象，绝对比不上雍和宫。(文/赖惠敏)