张居正首先整顿吏治，加强中央集权制。张居正创制了“考成法”，严格考察各级官吏贯彻朝廷诏旨情况，要求定期向内阁报告地方政事，提高内阁实权，罢免因循守旧、反对变革的顽固派官吏，选用并提拔支持变法的新生力量，为推行新法做了组织准备。并且整顿了邮传和铨政，他的为政方针是：“尊主权，课吏职，行赏罚，一号令”和“强公室，杜私门。”
张居正上疏请行在内政方面提出著名的考成法，为政方针是“尊主权，课吏职，行赏罚，一号令”。裁撤政府机构中的冗官冗员，整顿邮传和铨政。 最后明神宗批准了请求。
奏书中有以下两条：
六部和都察院把所属官员应办的事情定立期限，并分别登记在三本账簿上，一本由六部和都察院留作底册，另一本送六科，最后一本呈内阁。
六部和都察院按账簿登记，逐月进行检查。对所属官员承办的事情，每完成一件须登出一件，反之必须如实申报，否则以违罪处罚;六科亦可根据账簿登记，要求六部每半年上报一次执行情况，违者限事例进行议处;最后内阁同样亦依账簿登记，对六科的稽查工作进行查实。