张居正死后不久，是年十二月壬辰(初八日)江西道御史李植上疏弹劾冯保十二大罪状。明神宗览奏之后大喜说：“吾待此疏久矣!”查抄冯保家产，并将冯保发配南京孝陵种菜。梁梦龙、曾省吾、王篆一概勒令致仕。这时候，宦官张诚及江西道御史李植、云南道御史羊可立、山东道监察御史江东之等纷起攻讦张居正与冯保“交结恣横”、“宝藏逾天府”，陕西道御史杨四知因上疏劾张居正“贪滥僭奢，招权树党”，神宗诏令“姑贷不究，以全终始。”万历十一年(1583年)正月，南京刑科给事中阮子孝又上疏弹劾张居正“各子滥登科第，乞行罢斥”。这时张四维上疏代辩，说“居正诸子所习举业，委俱可进。惟其两科连中三人，又皆占居高第，故为士论所嫉，谤议失实”。神宗批文：“都教革了职为民”。羊可立弹劾张构陷辽王朱宪㸅，同时辽妃上书为辽王辩冤，并说辽府家产无数，全入张家。
于是万历皇帝下令籍其家，一些老弱妇孺因为来不及退出被封闭于张府，饿死十七口，其中有三名婴儿。
长子张敬修不堪严刑逼供之重负，在写下一份“丘侍郎、任巡按，活阎王!你也有父母妻子之念……何忍陷人如此酷烈”“有便，告知山西蒲州相公张凤盘，今张家事已完结矣，愿他辅佐圣明天子于亿万年也!”血书之后自缢身亡;二子张嗣修投井自杀未遂，又绝食未果，后发配边疆。三子张懋修后戍烟瘴地而死。
在“夺情”事件中得罪张居正而受到排挤的于慎行曾给办案的邱橓写信：“当其柄政，举朝争颂其功而不敢言其过，今日既败，举朝争索其罪而不敢言其功，皆非情实也。”
蓟州总兵戚继光调任广东任总兵，不久贫困而死。内阁大学士许国连上三疏求去，说：“昔日颠倒是非在小人，今乃在君子(言官)，党同伐异，罔上行私。”
皇帝迫于物议，恩准给张家留空宅一所，田十顷养张老太太赵氏，余子皆充军。李植以及江东之、羊可立三人，以“尽忠言事，揭发大奸有功”，分别晋升为太仆寺少卿、光禄寺少卿和尚宝司少卿。
张居正至天启时方恢复名誉。崇祯时“抚髀思江陵，而后知得庸相百，不若得救时相一也”，为张居正彻底平反。识者感慨其“功在社稷，过在身家”。《明史》评价他功在社稷，张居正故宅有题诗云：“恩怨尽时方论定，封疆危日见才难。”