整顿吏治
万历初年开始的张居正改革，首先是从整顿吏治开始的。他认为当时朝野政治腐败、民不聊生的主要原因在于“吏治不清”。为了整顿吏治，以达到为官清廉，治政清平，让人民生活安定，从而使封建政权长治久安的目的，张居正于万历元年(1573)推行“考成法”。其主要内容是加强内阁的行政和监察责任，提高吏、户、礼、兵、刑、工六科的监察职能。六科是对吏、户、礼、兵、刑、工六部百司相应而设的监察机构，张居正以六科督促六部，以六部督促诸司以及地方抚、按，最后再由内阁直接控制六科，掌握对各级官吏的监察大权。考成法还对六部、都察院等具体行政衙门实施随时考核、事事责成的稽查制度等。
这一严密而完整的考成系统，将宦官统率六科、稽查章奏权移交内阁，从而在一定程度上减少了宦官干政的可能，极大地提高了内阁的权威，使权力集中于首辅，从而加强了号令天下的中央集权。考成法提高了办事效率，减少了各部门的相互推诿、扯皮，为精简机构、节省政府开支提供了可能。稍后，张居正便下令裁减部院诸司冗官和各省司、府、州、县官，以提高官吏的素质和行政效率。这些，都为此后张居正推行的各项改革奠定了基础。通过整顿吏治和精简机构，张居正获得了一个效率较高、得心应手的行政班子，为推动经济改革作了思想上和组织上的准备。
在整顿吏治的过程中，张居正对嘉靖、隆庆时期行贿受贿、贪污腐败的社会状况深恶痛绝。因此，他担任首辅之后就果断采取措施，整治腐败，决心扭转政风士习，令出必行，有功必赏，有罪必罚，以重振往日的辉煌。
实施考成法
1573年(万历元年)十一月，张居正上疏实行“考成法”，明确职责。他以六科控制六部，再以内阁控制六科。对于要办的事，从内阁到六科，从六科都到衙门，层层考试，做到心中有数。改变了以往“上之督之者虽谆谆，而下之听之者恒藐藐”的拖拉现象。考成法的实行，提高了各级部门的办事效率，而且明确责任，赏罚分明，从而使朝廷发布的政令“虽万里外，朝下而夕奉行”。张居正整饬吏治的目的主要还是“富国强兵”，这条红线贯穿于他的改革之始终，实行考成法的最大收获也正在于此。
机构改革
王国光也对一系列不合时宜的旧制度、旧秩序进行改革。
其时簿牒等公文十分繁杂、冗滥，从州县到部，无论是各部门，还是具体的承办人，都有难言之苦。他便大刀阔斧地进行裁撤合并，去掉了近半数的繁文，使得事情方便易行;户部十三司因公署狭小，官员们便不来上班，导致弊病越来越重，他便雷厉风行，一改前弊，令所有官员均入署办公，各司其职，使工作效率大大提高;边关军饷告匮，而支出及收项无案可查，他令当地的边臣核实各项收支，并且筹划出长远计策上报，使消耗、浪费锐减。