清查土地
1578年(万历六年)，张居正以福建为试点，清丈田地，结果“闽人以为便”。于是在1580年(万历八年)，张居正上疏并获准在全国陆续展开清丈土地，并在此基础上重绘鱼鳞图册。全国大部分地区根据户部颁布的《清丈条例》对田地进行了认真的清丈，但也有一些地方官吏缩短弓步，溢额求功。如浙江海盐“水涯草堑，尽出虚弓，古冢荒塍，悉从实税。至于田连阡陌者，力足行贿，智足营奸，移东就西，假此托彼。甚则有未尝加弓之田，而图扇人役积尺积寸，皆营私窖。遂使数亩之家，出愈增而田愈窄焉。”然而由于大部分州县清丈彻底，革豪右隐占，额田大有增加。万历八年，全国田地为7,013,976顷，比1571年(隆庆五年)增加了2,336,026顷。随着额田的增加，加之打击贵族、缙绅地主隐田漏税，明朝田赋收入大为增加。尽管张居正清丈田亩、平均赋税的做法被海瑞等人认为是下策，并不能真正解决民间赋税不均的问题。但从理财的角度看，清丈田亩对于朝廷比较全面准确地掌握全国的额田，增加财政收入起了积极作用，更为重要的是它还为不久推行“一条鞭法”的赋税改革创造了条件。
一条鞭法
为了进一步改变严重的赋役不均，减轻无地或少地的农民的浮税，适应社会经济发展的新形势，张居正在清丈土地的基础上，实行了赋役制度改革。万历九年(1581年)，张居正通令在全国推行“一条鞭法”。这是自唐朝行“两税法”以来，中国赋税史上的又一次大改革。
“一条鞭法”，又称“条编法”，其主要内容有：统一役法，并部分地“摊丁入地”。把原来的里甲、均徭、杂泛等项徭役合并为一，不再区别银差和力役，一律征银。一般民人不再亲自出力役，官府需要的力役，则拿钱雇人应差。向百姓征收的役银也不再像过去按照户、丁来出，而是按照丁数和地亩来出，即把丁役部分地摊到土地里征收，这就是所谓“摊丁入地”;田赋及其他土页方物一律征银;以县为单位计算赋役数目;赋役银由地方官直接征收，以减少各种弊病。
一条鞭法的实行，在中国赋役制度改革发展的历史进程中具有划时代的意义。
对粮食宏观控制
同时王国光出任户部尚书后，立即对全国粮食进行宏观控制。
当时，明朝人口不断增长，边疆战事不断，内地也时有农民起义爆发，因此管好粮仓具有相当重大的意义。
为缓解矛盾，王国光对粮食精打细算、全面控制。他推行“天下抚按官”的办法，对各个粮食渠道统筹安排，将粮食出入大权牢牢地掌握在国家手中，对缓解粮食紧张起到了十分关键的作用。
王国光还设“坐粮厅”，专门负责军粮的督办，大大方便了诸军，又将散隶诸司的全国钱谷归并，减少不必要的浪费。
这些改革措施行之有效，立竿见影，受到朝廷的称赞，后形成定制。万历四年，王国光将在实际工作中总结出来的各条辑成《万历会计录》。这部被神宗赞许为“留心国计”的专集，后来成为张居正推行“一条鞭法”改革赋税制度的理论依据，乃至成为明清两代田赋的准则。
治理水利
万历六年(1578年)，张居正推荐、起用先前总理河道都御史潘季驯治理黄河、淮河，并兼治运河。潘季驯在治河中贯串了“筑堤束沙，以水攻沙”的原则，很快取得了预期的效果。万历七年二月，河工告成，河、淮分流。计费不足50万两，为工部节省资金24万两。徐州、淮安之间800余里的长堤平等蜿蜒，河水安流其间。因而，“田庐皆尽已出，数十年弃地，转为耕桑”。黄河得到治理，漕船也可直达北京，“河上万艘得捷于灌输入大司农矣”。