这个问题，在明代史料当中，其实是清晰的。官修《明史·日本传》里说：“大抵真倭十之三，从倭者十之七”。《嘉靖实录》里也说：“盖江南海警，倭居十三，而中国叛逆居十七也。”这是嘉靖时代关于“倭寇”的官方说法——倭人占十分之三，中国人占十分之七，倭人占主导地位。
内部奏折中的说法，略有不同。南京湖广道御史屠中律，曾对皇帝说：倭患的起源，是沿海“奸民”想要跟番邦作生意，虽称倭寇，“其实多编户之齐民也”。参与剿倭的将领王忬，也向皇帝报告：据他调查，“倭寇”头领约有百余人，其中“雄狡著名”者，都是本国之人，如“徽州王五峰(王直)、徐碧溪、徐明山，宁波毛海峰、徐元亮，漳州沈南山、李华山，泉州洪朝坚”等。另一剿倭名将胡宗宪，根据实际调查，编写了一本《筹海图编》，其中列出十四股势力最大的“倭寇”，其头目同样全部是中国人。也就是说，在所谓的“倭寇”内部，中国人不但在人数上占了绝对优势，也同时牢牢把握着领导权。
事实上，“倭寇”这种称呼，在嘉靖年间已经产生了不小的争议。身处抗倭第一线的基层将领万表，就对从地方到中央都在“混言倭寇”的做法非常不满，万表说：海贼大头目王直、徐碧溪的亲属子侄，都住在杭州等地，逍遥法外;王直等贼寇四处荼毒生灵，地方官却每每上报说是“倭寇”进犯，真是自欺欺人。浙江慈溪知县薛应旂也说：称呼海贼为“倭寇”，是中了海贼之计。海贼中虽有倭人，但“主谋响导”者仍是“中国之贼”，这些人假冒倭寇，藏匿身份，是为了保护自己的亲戚族人不受牵连。
表中倭寇名录，出自陈懋恒《明代倭寇考略》。该书汇集数十种史料与地方志而成，对倭寇资料的整理颇为全面。由表中可知，“倭寇”中的主要头目，清一色都是中国人，次要头目中，日本人所占据的比例也不高
表中倭寇名录，出自陈懋恒《明代倭寇考略》。该书汇集数十种史料与地方志而成，对倭寇资料的整理颇为全面。由表中可知，“倭寇”中的主要头目，清一色都是中国人，次要头目中，日本人所占据的比例也不高
之所以会产生这种以中国人为主体的“倭寇”，与明代严厉的海禁政策有很大关系，其中，1529年停止中日贸易，可以说是一个重要的政策节点，正是从这一年开始，“倭患”愈演愈烈。对此，嘉靖朝官员唐枢，有一句很精辟的总结：“寇与商，同是人也。市通则寇转而为商，市禁则商转而为寇。”
因为有这种背景，“倭寇”的行为就常常显出一种复杂性。譬如，大头目王直，在地方政府默许其对日通商时，曾一度积极参与抓捕真倭寇;而当地方政府改变态度后，王直又转做海贼，招募日本浪人打出了“倭寇”的旗帜。民心也同样游移不定。万表感慨：杭州的店家，明知对方是海贼，仍然“任其堆货，且为打点护送”;地方百姓，对待贼寇，也“或送鲜货，或馈酒米，或献子女，络绎不绝”;时人记载，漳州一带的假“倭寇”回乡，“皆云做客回，邻居皆来相贺”。南京刑部尚书王世贞的说法最夸张：“自节帅而有司，一身之外皆寇也”——除了督抚将帅，所有人都是贼寇。
简言之，戚继光时代，所抗击的“倭寇”：1、大部分是中国人;2、有倭人掺杂其中，但不掌握领导权;3、明代史料清晰记录了“倭患”真相，明朝官方仍长期沿用“倭寇”这个说法，与海禁政策有很大关系。一方面，官方不愿承认动乱的源头是海禁;另一方面，把动乱归因为“倭寇”，又适足以强化海禁的合理性。
这种“历史真相”与“现实需要”之间的裂痕，在明代灭亡之后，曾一度消失。至近代，因中日两国关系的变化，裂痕又再次出现。在30年代的日本学术界，大致存在两种倾向，一种，是按照“皇国史观”，将“倭寇”描述成日本人辉煌的海外发展史，而无视16世纪的日本政府也站在“倭寇”的对立面;另一种，则基于“中日亲善”的需要，有意识地强调中国人在“倭寇”中占有主导地位。
反倒是中方的一些学者，在30-50年代，并未因现实中遭受到了日本的侵略，而曲解历史。如杜鸣治30年代的研究认为：因赋税繁重，海禁严厉，嘉靖年间，“奸民冒倭人旗帜，群起为寇”，“上自官吏，下至富商大贾，沿海居民皆与倭通。”范文澜在40年代的著作中也说：“中国奸人却占大多数”，“嘉靖时代的倭寇，明朝应负激成祸乱的主要责任。”50年代，又有史学家尚钺、吴晗等人，认为嘉靖年间的“倭寇”，其实是一场内乱，乃是“东南沿海工商业实力人物”和“明王朝统治阶级”之间的斗争，“把这次战争看作是单纯的日人的侵略，而忽视了中国商人的主导地位是不合事实的。”遗憾的是，因为众所周知的原因，上述研究成果，很快就被遗忘了。
自80年代至今，“倭寇”问题仍在不时牵动着中国的对日民族情绪。2005年，曾有网民赴安徽歙县，砸毁了明代“倭寇”头目王直新修的墓碑，理由是：王直乃勾结倭寇的“汉奸”、“民族败类”。由中日两国政府主导的“中日共同历史研究”项目中，两国学者在“倭寇”问题上的表述，也存在微妙的差异。日方报告的说法是：“倭寇对中国社会来说并不是一种外部存在。……无论其首领，还是其成员，多数是中国人;地方有势力者(乡绅阶层)与倭寇勾结，插手走私贸易。……1567年海禁解除，消除了倭寇出现的根本原因。”而中方报告，则回避了对“倭寇”内部成员、权力构成的描述，仅简单称之为由日本人和中国沿海商人、海盗联合组成的“海商武装集团”。