从万历时代的国本之争、明末三案、京察之争，就有东林党争的影子。万历三十二年(1604年)，吏部郎中顾宪成因为得罪了皇帝而被革职，他与高攀龙、钱一本等在家乡无锡东林书院讲课，“讲习之余，往往讽议朝政，裁量人物”，常常和东林书院中人谈论朝政得失，他们渐渐形成了一个在野集团，被称为“东林党”，《明史·孙丕扬传》说：“南北言官群击李三才、王元翰，连及里居顾宪成，谓之‘东林党’。”;他们主张开放言路、实行改良时政等意见，得到广泛支持，同时遭到朝臣、宦官的激烈反对。
同时期的浙江宁波人沈一贯纠集在京的浙江籍官僚，结成东林党的反对派，被称作“浙党”，以官应震、吴亮嗣为主的楚党，和山东的齐党皆依附于浙党，合称“齐楚浙党”，其它以地缘关系结成的党派还有宣党和昆党。宣党、昆党、楚党、齐党、浙党与东林党人相互攻击，“东林党争”绵延数十年，几无宁日。《王学质疑》提要说：“夫明之亡，亡于门户;门户始于朋党;朋党始于讲学。”
夏允彝《幸存录》在“门户大略”说：“自万历以前，未有党名，及四明(沈一贯)为相，以才自许，不为人下，而一时贤者如顾宪成、孙丕扬、邹元标、赵南星之流，蹇谔自负，每相持。附四明者，言路亦有人。而宪成讲学于东林，名流咸乐于趋之，此东林、浙党所白始也。”《弘光朝伪东宫伪后及党祸纪略》亦载：“党祸始于万历间，浙人沈一贯为相，擅权自恣，多置私人于要路;而一时贤者如顾宪成、高攀龙、孙丕扬、邹元标、赵南星之属，气节自许，每与政府相持。而高、顾讲学于东林，名流咸乐附之，此东林党祸所自始也。”