万历二十一年(1593年)三月由吏部尚书孙鑨、左都御史李世达和考功司郎中赵南星主持的癸巳京察，臣僚乘机徇私毁誉，结援同党，有大批的大臣被罢免，吏部文选郎吕胤昌、给事中王三余，均被斥黜，引起轩然大波。事后言官又劾论吏部稽勋司员外郎虞淳熙、兵部职方郎中杨于庭、主事袁黄。万历三十三年(1605年)东林党人杨时乔与左都御史温纯主持乙巳京察，距癸巳已十二年，期间爆发了“伪楚王案”，形成沈一贯与沈鲤两大集团的斗争，沈鲤借机贬谪浙党官员给事中钱梦皋、钟兆斗及御史张似渠、于永清，沈一贯则称病闭门家居，最后内阁只剩朱赓一人，叶向高曾说“廊庙空虚一也;上下否隔二也;士大夫好胜喜争，三也;多藏厚积必有悖出之衅四也;凤声气习日趋日下莫可挽回，五也”。
万历三十九年(1611年)辛亥京察，由年届八十的吏部尚书孙丕扬主持，徐绍吉、周永春等策划倾覆东林，被吏部右御郎王图制止。这时期朝廷的党争形成南党和北党之争，互相攻击，京畿道御史徐兆魁说：“东林所至，倾动一时，能使南北交攻，角胜党附”。
日后阁部大臣，长久缺员，万历帝亦置之不理，《资治通鉴三编发明》说：“楚宗事至是几十年矣，而廷臣犹以世卿右王之故，相继论劾，借端攻击，报复相寻，朝事已不可问”。叶向高先后上疏百余次，力陈：“今自阁臣至九卿台省，曹署皆空，南都九卿亦只存其二”，“陛下万事不理，以为天下长如此，臣恐祸端一发不可收也”。吏部尚书孙丕扬曾推荐沈鲤、郭正域、顾宪成、赵南星、高攀龙等，神宗一概不理。万历四十五年(1617年)浙党吏部尚书郑继之主持丁巳京察，是神宗朝最后一次京察，齐(亓诗教、周永春)、楚(官应震、吴亮嗣)、浙(姚允文、刘廷元)三党大肆斥逐东林党人。至此朋党之争，愈演愈烈。泰昌元年(1620年)的移宫案中，杨涟、左光斗等东林党人拥立太子朱由校继位有功，赵南星、高攀龙、顾大章、夏嘉遇、周宗建等重新启用。1623年(天启三年)东林党人主京察，又逐齐楚浙党，明末考核京官的制度成为党争的工具。明末国子祭酒倪元璐说：“其始天子静摄，听臣工群类之自战而不为之理，所谓鼠斗穴中，将勇者胜耳。故其时其血玄黄，时胜时败”
天启三年(1623年)京察，赵南星掌吏部，力斥浙党、齐党、宣党等三党官员亓诗教、赵兴邦、官应震、吴亮嗣等“先朝结党乱政”，议当罢黜。