军户的主要的义务，便是出一丁男赴卫所当兵，称作正军，其他的子弟称作馀丁或军馀，正军赴卫所，至少要有一名馀丁随行，以助其生活，由于军户负担沉重，故多给有田地，且正军免全部差役，而在营馀丁及原籍下的一丁亦可免差役，以保障其生活并供给正军之生活。如影响所有民间秘密宗教的罗教创始人罗思孚，本是一名戍军，後来找人顶替之後，才离开军伍。
军丁的分发地点，多以距离原籍地遥远且分散的方式，以防止逃兵，但长途的跋涉加上水土不服，给役卒带来不少痛苦。正军服役于卫所，必须带妻同行，以安定生活并生儿育女，每一军人有房屋、田地，每月有固定的月粮，但实际情形则常分配不足，行军时则发给口粮，衣装则须自备，武器则由国家以工匠生产。军士在营，分成守备和屯田二部分，比例不定，按时轮流，屯田固定上交粮食，以供给守备军及官吏，其目标在养兵而不耗国家财力，但明宣宗以後，卫所官侵占军屯田地、私役军士耕种之事，已经常发生， 这个目标渐难以达到。
一般正军身死，即以户中壮丁补充，但由于军人生活困苦，逃兵甚多，洪武初年即有逃兵，至洪武三年十一月，逃亡者计47986人，因此有“根补”、“勾补”等方法。根补即抓回逃军，勾补则由其户中以丁补，但此举既扰民又扰官，亦有军官藉此贪污，迫害人民，使乡里间痛苦不堪。而且逃兵有增无减。
正统三年(1438年)，逃亡官军竟达1633664人 这时开始有募兵之举。
正德十四年吏部尚书王琼上疏：“天下都司卫所每岁差去勾军官旗不下一万六七千名，计所勾之军，百无一二到卫。有自洪武、永乐年间差出，到今三十余年，在外娶妻生子，住成家业，通同军户，窝藏不回。”
嘉靖八年，桂萼公布天下兵籍，仅有兵士九十七万。军士的逃亡，除生活上的因素外，与其社会位的低落亦有关， 明初因需要武力，故较重视军人，其後承平日久，武力不再重要，军人地位就大为降低，加上以罪犯充军，使的军人的形象更为低下。嘉靖年间，有些卫所逃亡军士达到在籍军士70%左右。 至16世纪初，一些卫所的逃亡军士已达其总数的80%，许多边地驻军只剩下一半。
嘉靖时期，边患严重，急需兵力，朝廷改采募兵制。募兵不同于卫所军，不世袭，来去相对自由。但由于募兵制破坏了早期卫守制“兵帅分离”的构想，内阁必须将兵权下放于将领，明朝无法完全掌控兵权，尤以戚继光的“戚家军”更为有名，中央集权逐渐转变成为个别军官所拥有的势力。