成化时期，许多佞幸小人混入朝中，李孜省以方术、房中术进献皇帝得到宠幸，然后与太监梁芳狼狈为奸祸乱朝政，打击忠臣，扶植朋党。明孝宗即位之后立即逮捕了两人，使文武百官皆感高兴。接着，明孝宗开始整顿吏制，将成化朝通过贿赂，溜须拍马发迹的官员一律撤换，改革首先从内阁开始，罢免了以外戚万安为首的“纸糊三阁老”。万安遇事除了喊“万岁”，没有半点主张，明孝宗罢免他不久后，和万安一起混日子的尹直也黯然离职回乡，只留下了刘吉。明孝宗看的出来刘吉除了混事，也会干事，接替内阁首辅的刘吉，在弘治年间一反常态，不但时常建言国事，更是对工作极其负责出力。特别是西北的哈密战事，正是在他的统筹下得以圆满解决的。
明孝宗还罢免了大批的“传奉官”，明宪宗时期的得宠的诸多僧道门，也都被赶走，少数罪大恶极的，依法惩治。比如成化年间的和尚继晓，由于仗着明宪宗的宠信，作恶多端，于弘治元年被斩首示众。斥佞用贤的弘治初政，给成化后期混乱的朝廷打了一针兴奋剂，使明朝有了中兴的希望。后来又去掉佞臣李广。明孝宗对于文臣极其礼敬，也别是对待王恕等老臣以及谢迁、刘健、李东阳几位阁臣，更是体贴备至。
在清洗了诸多混日子的大臣同时，明孝宗大量起用正直贤能之士。象王恕、怀恩、马文升等在成化朝由于直言被贬的官吏;徐溥、刘健、谢迁、李东阳等贤臣。为于谦建旌功祠，使得无论是朝中还是宫中都为之一新，时称朝序清宁。[明孝宗登基后马上召回了王恕，王恕上任后没有辜负明孝宗的期望，在他的主持下开展了官场考察，考察的标准也极其严格：不但经济有问题的要被追查，就连身体不健康不能胜任工作的，也要一概被罢免。仅弘治元年(1488年)从中央到地方经过吏部考察被罢免的官员就多达一百多人。和王恕一样，马文升在部队里面也开展了整顿。除了罢免大批不合格的武馆外，还清理屯田，整顿地方武备，明军的战斗力，一度焕然振作。
正是在王恕和马文升的强力行动下，基层的一批慵懒官员被清除，诸多的才俊良臣得以提拔。
鉴于前朝宦官专权乱政的教训，明孝宗对宦官严加管束，东厂、锦衣卫再不敢任意行事，只能奉守本职，因而几任锦衣卫指挥大致都能持法公允，用刑宽松。这是明中后期其他朝代所罕见的现象。对于宦官的限制，执之最厉者并不止刘大夏。谢迁亦曾言内府宦官索贿之事，明孝宗令撰旨禁约时，谢迁道：“虚言设禁，无益也。须令曹司搜剔弊端，明白开奏，而后严立条禁，有犯必诛，庶民困可苏。”由此诸内府宿弊，多有革除。故嫉之者少。刘大夏虽非阁臣，明孝宗对他的倚靠则不仅限于兵部，至有密帖之谕。
在弘治中兴时期，还留下了一系列忠臣，直臣。例如李东阳，谢迁等等。对于明武宗时期刘瑾乱政在前期起到了一定的遏制作用。明孝宗勤于政事，同时，他又重开了经筵侍讲，向群臣咨询治国之道。他还开辟了文华殿议政，利用早朝与午朝之余的时间，与内阁共同切磋、商议政事。