1903年(光绪二十九年)发生的苏报案曾轰动一时。这年春天，革命团体中国教育会和爱国学社成员吴稚晖等人在上海公共租界张园发表演说，抨击清政府外交无能，内政腐败，公开鼓动反清革命，引起清廷关注，下旨查拿首要分子。其时章太炎著《驳康有为论革命书》和邹容著《革命军》在上海发表，上海本地报纸《苏报》刊登章太炎为《革命军》所作序，于是《苏报》和章太炎、邹容等人成为清政府缉捕对象。上海道台与上海领事团和租界当局交涉，将章太炎、邹容等六人逮捕。随后清政府要求上海领事团和租界当局将章、邹等人交给清政府严惩，遭到拒绝，清政府转而与北京公使团交涉，请求英法美等国驻华公使令上海租界当局交人，结果也遭到列强的拒绝。最终，苏报案在上海租界审理，章太炎和邹容分别被判处三年和两年监禁。
清政府原本打算通过严惩章、邹等人，震慑革命党，制止革命思想的传播，但没想到弄成这样一个结局：不但未达到目的，而且外交上又大失体面。原因何在?
一是苏报案起因于专制政府的“文字狱”思维。
苏报案的导火线是一批有革命思想的新派人物利用上海租界的庇护，发表演说，出版书籍，抨击政府，讥讽清廷高官。其中也有不少反清革命的激烈言论，如章太炎蔑称光绪帝为“载湉小丑”，邹容公然主张“排满”、“杀满”，这在清廷看来，无异于公然鼓吹谋反。湖广总督端方在给负责处理苏报案的两江总督魏光焘的电报中称：“此书(指《革命军》)逆乱，从古所无，竟敢谤及列祖列宗，且敢直书庙讳，劝动天下造反，皆非臣子所忍闻，尤非拿办不可。”依据《大清律》，公开发表这样言论的人可以定“妖言惑众”罪，处以砍头重刑。因此，章、邹等人被捕后，无论是与上海领事团交涉的上海道台，还是与北京公使团交涉的庆亲王奕劻，都表示章、邹所犯均系重罪，应交中国政府严惩;代表庆亲王与英国公使交涉的联芳还明确表示，章、邹交给中国政府后会被砍头。显然，清廷延续的是传统时代的“文字狱”思维，对章等人一意严惩，坚决镇压。
但是，20世纪初，西方自由民权思想早已输入中国，相当一部分国人初步了解了西方的民主政治制度，已经有思想自由、言论自由的观念。这种背景下以镇压的方式遏制思想传播，无疑是昏聩之举，时人评论说：“我即能焚已译之书，而不能禁欧美人汗牛充栋言此事之载籍。我即能禁人再译，而不能禁我民自学外国语言文字以读书，是不能禁人之不知。”(《论政府当求消化乱党之法(二)》，《中外日报》1903年7月30日)苏报案的处理方式更是如此：“即如《苏报》与《革命军》，向不见重于社会，不知其名者颇多，即知之者亦无暇一览，西人更未齿及。自此案出，乃人人欲索而观之，日来外埠之来申觅此者甚众，而西人亦争译以去，是不啻国家为之登求售之告白也。”(《论政府当求消化乱党之法(一)》，《中外日报》1903年7月29日)
实际情况也正是如此，章太炎、邹容因苏报案受到极大关注。苏报案后，《革命军》与《猛回头》、《警世钟》等革命书籍广为流传，革命报刊如《国民日日报》等纷纷创办，革命思想开始在国内进一步传播。
二是清政府外交上处于弱势地位，国际形象极糟。
依据相关条约，清政府对上海租界的华人拥有完全的管辖权，租界和列强均无权介入。但事实上不是这样。
清廷下旨追查张园演说，上海道台即与租界当局交涉，要求协助逮捕案犯，但是租界当局不肯合作，甚至在传讯吴稚晖、章太炎等人时主动表示，如果他们仅仅是发表一些言论，并未私藏武器，租界愿意保护他们。无奈之下，上海道台与上海领事团达成口头协议，即案犯应在租界审讯，租界执行，租界当局才肯提供协助。章太炎等人被捕后，上海道台再次要求将案犯交给中国政府，领事团以此前达成的协议为由，予以拒绝。事实上，上海租界已成“国中之国”，清政府无法有效地行使管辖权。
二十世纪初，上海租界已发展成为中国面积最大、人口最多的租界，其管理机构——上海工部局拥有市政管理权、对界内华人征税和行政管理的权利，中国政府在租界的司法管辖权也受到很大限制。工部局依据西方理念管理租界，在他们看来，租界居民享有言论自由的权利，即使是超过言论自由的限度，也不应处以重刑。
与上海领事团协商未果，清政府又与北京公使团交涉，请求各国驻华公使出面，令上海领事团交人。此时适逢“沈荩案”发生，国际舆论哗然，一致谴责清政府为野蛮政府，认为如将苏报案犯交出，他们将遭遇与沈荩同样的命运。
沈荩，字克諴，1900年参加反清起义，1903年7月在北京被捕，随后慈禧太后亲自下令将其杖毙。中外报纸盛传沈荩被处死的方式十分惨酷，如英国《泰晤士报》描述说杖毙沈荩的行刑长达五六个小时，行刑者手臂酸软，沈荩也已经血肉模糊，但尚未断气，最后行刑者将其勒死。
于是，英国政府称出于人道主义考虑，以尊重已达成的司法协议为由，令驻华公使拒绝中国政府的请求，美、法等国亦与英国保持一致。这场交涉持续近半年，苏报案犯最终还是在上海租界审讯。当时组织了一个中外混合法庭，清政府虽派出代表参加，但案件的审理事实上由英国驻沪副领事主持。双方均聘请律师，原告律师指控章、邹等人发表煽动性诽谤言论，被告律师以言论自由为依据进行辩护。清方代表主张判处终身监禁，英国副领事则坚决反对，在其坚持下，章太炎和邹容得以轻判。
三是清政府本想借苏报案树立威信，结果却适得其反。
经历1898年戊戌政变和1900年庚子事变，在国际形象变得极其糟糕的同时，清政府在国内的威信也受到极大打击。在海外留学生特别是留日学生中，已有人公开倡言革命。上海张园演说与章、邹所著之书以及《苏报》上发表的激烈言论，显然与留日学生声气相通。这些人公然主张排满、革命，在清政府看来无疑是公开挑战。为树立政府威信，清廷希望严办苏报案。可是此间发生的沈荩案，却使清政府的负面形象雪上加霜。沈荩案被披露后，不仅国际舆论一片谴责，国内民间舆论亦指责清政府，有报纸载文尖锐批评其不公不信：
夫政府之拿获章邹，谓之除逆党，政府之拿获沈克諴 ，咸谓之翻旧案。非不可翻，特宽政之上谕煌煌在人耳目，故无论旧案，已许人自新，即未尝许人自新，但使其人实已大改从前之所为，则亦既往不咎，故即康梁回国，亦可不加之罪，而况沈克諴之案乎?(《公信失则人心失说》，《新闻报》1903年8月13日)
舆论认为，不仅对待维新党，即使是对待革命党，假如肯悔过自新，也应尽量从宽处理，对那些没有逃往海外的维新党、革命党，政府“应嘉许之，而绝不加以罪也”。清政府即使不释放沈荩，也可以监禁，又何必以残酷的方式将其处死?此案的后果使清政府非常难堪，人们认为这样的政府不但无勇，而且不公，沈荩不在租界，所以可以将其任意逮捕、杀害。对于其时关押在上海租界内的章太炎和邹容，清政府无法直接惩办，此后反对政府的人更会把租界作为庇护所。
苏报案暴露出专制、无能的清政府无法适应新形势，采取适当的对策，恰当地化解政治危机。苏报案后，国内各种矛盾日益激化，清政府同样进退失据。1911年10月10日武昌起义发生，清政府的统治随之土崩瓦解。