崇祯17年(1644年)3月，李自成大军兵临京城，明思宗朱由检为了让女性家庭成员免受起义军凌辱，令皇后自杀，又亲手杀害了自己女儿和所御妃嫔数十人。在动手杀害女性家属之前，明思宗曾将三个皇子召入宫，叫他们改穿民衣，并殷殷叮嘱：“万一生还，一定要光复社稷”。做完这一切，明思宗便上吊于景山寿皇亭。
明思宗的三个皇子流落民间，就此成了清朝皇帝的心病，顺治和康熙两朝，始终笼罩在所谓“朱三太子”的恐慌中。“朱三太子”，就是皇四子、永王朱慈焕。胡忠定《教科书里没有的清史》记载：“朱三太子”最早出现在顺治8年(1651年)，有人告发一个茶叶贩子是崇祯帝的三皇子。顺治12年(1655年)2月19日，漕运总督蔡士英向朝廷报告，江西南昌人朱周錤自称“朱三太子”，“暗通海贼，潜谋叛乱”。康熙初年，又有人打着“朱三太子”旗号闹事。入关之后满洲贵族在京城周边大肆圈地，加上政府实施“逃人法”，八旗主奴、主佃矛盾非常尖锐。农民杨起隆利用宗教做掩护，秘密发动民众，到康熙12年，已组织了奴仆、佃户约千人。12月22日，杨起隆率众举事，自称“朱三太子”，建年号为“广德”，起义者头裹白布、身束红带扑向敌阵。起义很快失败，200多名起义者被屠杀，然而，此事带给清政府的心理冲击却不可小视。康熙46年(1707年)12月，苏州织造李煦密报，苏州有人起事，“以红布裹头，树大明旗号”。官府顺藤摸瓜，在浙江四明山地区将抗清多年的张念一等人逮捕，在审讯中得到了“朱三太子”的下落。不久，清政府即在山东汶上县抓住了“朱三太子”，此人声称自己真的是崇祯第四子，曾落入李自成军中，后流落南方，在凤阳被一王姓绅商收养，继而出家为僧，后入赘余姚县胡家，先后被几伙反清义士拥戴。康熙让明末老太监来认，结果没有一个人认识他，因此判定此“朱三太子”是冒牌货，下令将其凌迟处死，其三个儿子斩立决。然而，“朱三太子”似乎并未收手，康熙60年(1721年)，台湾朱一贵起义爆发，此人依然自称明朝后裔，也是打着“朱三太子”的牌子。到了雍正朝，甘凤池、周昆来、张云如等人也借着“朱三太子”的旗号大肆活动。
上述“朱三太子”没有一个是正宗的，“原装”的朱三太子也许早因冻饿暴尸荒野了。清入关后最初三朝，之所以出现那么多假冒的“朱三太子”，并非因为老百姓真的认为明王朝有多好，他们其实也知道大明江山小半亡于关外的清政权，大半亡于以李自成为代表的农民军，现在之所以要这样做，是因为他们感觉到清朝统治者只懂得依靠屠刀夺取政权，不在乎民心，“扬州十日”、“嘉定三屠”都是清朝统治者残暴至极的证据，加上清政府授予满洲贵族的大量特权，又极大地损害了下层民众的利益，老百姓自然只能借助“朱三太子”的名号，唤醒占全国人口绝大多数的汉人的亡“国”之痛，以便推翻现政权。只要统治者不将国家的管理权交给老百姓及其代表，“朱三太子”就抓不完杀不绝。孙中山先生最初发动革命也提出过“驱除达虏，恢复中华，建立民国，平均地权”的主张，如果我们忽略其最终的政治目标，只讨论其行事手段，他不也是一个晚清的“朱三太子”吗?
作为自然人的朱三太子并不可怕，人生不满百，朱三太子再跟现政权作对，也总有从地球上消失的一天，最可怕的是一个社会的制度老是逼着人一批批去做“朱三太子”，使国家失去安宁。从这个意义上说，清代最大的“朱三太子”其实是自私的封建统治者自己。