而张本人也成为明代唯一生前就被授予太傅、太师的大臣，不过“功高震主”。幼时的万历还没有意识到权力所能带来的乐趣，随着年岁增长，享乐的欲望，越来越刺激他要巩固权力。当权力遭遇危机时，万历可能竭力支持改革，暂时抑制贪欲；一旦改革成功，缓解危机后，其内心深处的欲望又开始膨胀，可能促其废除改革。
其次，张居正的君主观与万历帝的主观相违背。张居正希望万历成为一代为民造福的“圣君”，想融合儒道两家节制君主以达到君臣共治、君民互利。如他为神宗小时候编写的启蒙读物《帝鉴图说》中就有“天下可以一人主之，不可以一人治之”等，想通过他律来影响皇帝的自律。
而万历帝却没能领会太傅的一片苦心，他脑子里只有“天下是我的，我要怎么样就怎么样”。
再次，张居正改革时，打着“法祖”的旗号，也就是借助祖先威势推行改革。他所绘制的蓝图，只是在大明开国之初的法制基础上，对某些法制法规实施改进，以调解矛盾，缓解危机。实际上，这种改革并没有触及利益的根本，不可能得到社会各阶层的民众全力支持。如一些文人在书院中讲学、发表政见、抨击时弊成为时尚，这对于专制集权的朝廷，无异于离心之力。万历八年，张居正以严令拆毁天下书院，禁止讲学，消弭闲言浮议，实行思想一统。
张居正在位时，那些豪强权贵摄于权威，不敢造次，一旦他们认为的权威不见了，就会群而攻击。
此外，张居正失察用人。当然，不能否认，张居正能改革成功，还是他能“笼络”一批得心应手的人才，不过这些一般都是技术人才，而非政治家。
为打击豪强，张居正曾大力支持海瑞，但当上首辅后，就将他丢在一旁。对于身边的两个副手张四维、申时行，也没有收为己用，要知道他们可是居六部之上的内阁重臣，主导政务的政治家啊！在张居正死后，两人相继掌权，随即反对新政。