二程曾同学于北宋理学开山大师周敦颐，著作被后人合编为 《二程集》。他们把“理”或“天理”视作哲学的最高范畴，认为理无所不在，不生不灭，不仅是世界的本源，也是社会生活的最高准则。在穷理方法上，程颢“主静”，强调“正心诚意”;程颐“主敬”，强调“格物致知”。在人性论上，朱熹主张“存天理，灭人欲”，并深入阐释这一观点使之更加系统化。二程学说的出现，标志着宋代理学思想体系的正式形成。 南宋时，朱熹继承和发展了二程思想，建立了一个完整而精致的客观唯心主义的思想体系。从广义上说，它也包括由朱熹所摄入的北宋“五子”(周敦颐、邵雍、张载和二程)的学说，并延伸到朱熹的弟子、后学及整个程朱的信奉者的思想。由于朱熹是这一派的最大代表，故又简称为朱子学。程朱理学在南宋后期开始为统治阶级所接受和推崇，经元到明清正式成为国家的统治思想。故如对宋明理学的概念不做特别规定的话，在通常的意义上便是指程朱一派的理学。
他认为，太极是宇宙的根本和本体，太极本身包含了理与气，理在先，气在后。太极之理是一切理的综合，它至善至美，超越时空，是“万善”的道德标准。
宋元明清时期，历代统治者多将二程和朱熹的理学思想扶为官方统治思想，程朱理学也因此成为人们日常言行的是非标准和识理践履的主要内容。在南宋以后600多年的历史进程中，程朱理学在促进人们的理论思维、教育人们知书识理、陶冶人们的情操、维护社会稳定、推动历史进步等方面，发挥了积极的作用。同时，它对中国封建社会后期的历史和文化发展，也有巨大的负面影响。不少人把程朱理学视为猎取功名的敲门砖，他们死抱一字一义的说教，致使理学发展越来越脱离实际，成为于世无补的空言，成为束缚人们手脚的教条，成为“以理杀人”的工具，从而反映出它的阶级和时代的局限性。
在人性论上，朱熹认为人有“天命之性”和“气质之性”，前者源于太极之理，是绝对的善;后者则有清浊之分，善恶之别。人们应该通过“居敬”、“穷理”来变化气质。