顺治二年闰六月初七，明福建巡抚张肯堂、礼部尚书黄道周及南安伯郑芝龙、靖虏伯郑鸿逵等，奉唐王朱聿键称监国于福州。闰六月二十七日称帝，改福州为天兴府，以是年为隆武元年。朱聿键，朱元璋九世孙，端王朱硕熿之孙。
1645年(清顺治二年、南明弘光元年)六月二十八日，朱聿键在福建建宁称监国。闰六月丁亥(初七)至福州，以南安伯府为行宫。二十天后，朱聿键于福州正式称帝，改元隆武，宣布从七月初一起改弘光年号为隆武元年。改福建布政司称福京，改福州行在为天兴府，改布政司为行殿，建行在太庙、社稷及唐国宗庙。升郑芝龙为平虏侯、郑鸿逵为定虏侯，封郑芝豹为澄济伯、郑彩为永胜伯。以黄道周为吏部尚书、武英殿大学士，蒋德璟为户部尚书、文渊阁大学士，朱继祚为礼部尚书、东阁大学士，曾樱为工部尚书、东阁大学士，黄鸣俊、李光春、苏观生等人为礼、兵各部左右侍郎兼东阁大学士。
隆武帝即位后上高曾祖父四代帝号，高祖唐敬王朱宇温为惠皇帝，曾祖唐顺王朱宙栐为顺皇帝，祖父唐端王朱硕熿为端皇帝，父唐裕王(追封)朱器墭为宣皇帝。四代祖妣皆追封皇后。封弟朱聿锷为唐王，封国南宁;升叔德安王朱器䵺为邓王;追封弟朱聿觨为陈王，子朱琳渼为陈王世子。遥上弘光帝尊号“圣安皇帝”。隆武元年七月下令将嘉靖年间皇极殿、中极殿、建极殿三殿之名恢复为奉天殿、华盖殿、谨身殿，各衙门前加“行在”二字。
依据伦序，最有资格继承皇位的帝广西的桂王，但桂王当时距离江南太远。而众明臣齐推唐王朱聿键的另外一个原因是他的封地在南阳。这是东汉光武帝刘秀的起家之地。众臣推唐王朱聿键为帝，想把他当作重振大明的标志，很想让他暗和天意，争取做一个明朝的“光武帝”，复兴明朝。
隆武帝举行大典仪式当天，大风雾起，拔木扬沙，尚玺官的坐骑受惊，玉玺摔落，碰坏一角。众人心惊，皆认为兆征不祥。虽然如此，隆武君臣还是很有平复天下的决心，锐意恢复。
1646年(隆武二年)8月21日，隆武帝逃出延平，又想取道汀州去江西。如此危难紧急关头，酷嗜读书的隆武帝仍然“载书十车以行”，边逃边读，边读边逃。小路狭隘，书又沉，更拖慢了诸人的逃跑速度。
到汀州城外时被清军追上，他带着曾皇后和随驾的周之藩等躲入关帝庙。清兵在门前厉声呼喝：“谁是隆武?”周之藩舍身想掩护隆武帝脱险挺身呼曰：“吾乃大明皇帝也”，清军群射之。周之藩拔箭，手杀数十人，最后脑后中箭，坠马被杀。将军熊纬督二十余人格斗，最后喉咙中箭而死。清兵也怀疑他不是隆武帝，进庙搜查，只见后门洞开，庙内空无一人，知隆武帝和曾皇后已从后门逃入汀州城内。[
到汀州时，隆武帝的随从仅仅五百人而已。隆武帝在汀州刚歇过一口气，转天凌晨，清军前锋统领努山命令几百个兵士穿上明军服装，打着明军旗号，直奔城门。汀州守军以为是败退下来的明军，让清军进程，清军一拥而入，俘获了隆武帝和曾皇后，并将他俩分别押入轿子送往福州。到闽江支流九溪边停下休息时，曾皇后猛然窜出轿子，哭喊一声，陛下宜殉国，妾先去了。纵身跳崖身死。朱聿键也几次想自尽，都因清兵的严密监守而未成，于是绝食而死在福州囚处。