明安宗朱由崧即位后于三月上明熹宗懿安皇后谥号孝哀慈靖恭惠温贞偕天协圣悊皇后，六月追封祖母郑贵妃为孝宁太皇太后。父福恭王朱常洵为贞纯肃哲圣敬仁毅恭皇帝(后改谥孝皇帝)，立庙于南京，墓园称熙陵。上嫡母邹氏尊号为恪贞仁寿皇太后。生母姚氏为孝诚端惠慈顺贞穆符天笃圣皇后。赠洛阳城陷时遇害的胞弟颍上王朱由榘为颍王，谥曰冲。六月上崇祯帝庙号为思宗(弘光元年二月改上庙号毅宗)，谥号绍天绎道刚明恪俭揆文奋武敦仁懋孝烈皇帝;上崇祯帝周皇后谥号孝节贞肃渊恭庄毅奉天靖圣烈皇后。七月追复懿文太子朱标庙号兴宗，谥号和天敬道宪懿勤敏淳文度武明仁慈孝康皇帝。兴宗皇后常氏为孝康皇后。追上建文帝庙号惠宗，谥号嗣天章道诚懿渊功观文扬武克仁笃孝让皇帝。惠宗皇后马氏为孝愍温贞哲睿肃烈襄天弼圣让皇后。追上景泰帝庙号代宗，谥号符天建道恭仁康定隆文布武显德崇孝景皇帝。代宗废后汪氏为孝渊肃懿贞惠安和辅天恭圣景皇后。
明昭宗朱由榔即为后上堂兄弘光帝庙号安宗，谥号奉天遵道宽和静穆修文布武温恭仁孝简皇帝;上伯父朱常洵庙号恭宗，谥号慕天敷道贞纯肃哲修文显武圣敬仁毅孝皇帝;上父桂端王朱常瀛庙号礼宗，谥号体天昌道庄毅温弘兴文宣武仁智诚孝端皇帝;上隆武帝庙号绍宗，谥号配天至道弘毅肃穆思文烈武敏仁广孝襄皇帝;上嫡母吕氏谥号孝钦静淑慈敬天昭豫保康圣端皇后;嫡母王氏谥号孝正庄翼敦仁端惠天圣皇太后;上生母马氏尊号为昭圣慈惠仁寿皇太后。
九月初三，弘光帝下令为北京殉难诸臣上谥号，文臣二十一人、勋臣二人、戚臣一人。随后又给郢国公冯国用、宋国公冯胜、济国公丁德兴、德庆侯廖永忠、长兴侯耿炳文等开国功臣追上谥号;给方孝孺、齐泰、黄子澄、陈迪、景清、卓敬、练子宁等建文朝死难诸臣，蒋钦、陆震等正德朝死谏诸臣，左光斗、周朝瑞、周宗建、袁化中、顾大章、周起元等天启朝死难诸臣均补上谥号，并为他们平反。
国策
明末清初，中国社会的主要矛盾，史学界有不同意见。
有的人认为从清军入关占领北京起，民族矛盾就成了主要矛盾;也有人认为由明至清阶级矛盾一直处于主要地位。
所以南明初期的主要政策是“联虏平寇”，意思是联合清朝扫灭“流寇”。可以说“联虏平寇”(或称“借虏平寇”)是弘光政权的基本国策。
但是随着时局的变化，弘光政权却被“联虏平寇”方针所葬送，数十万官军叛降清朝，反过来为清朝征服江南各地效犬马之劳。隆武政权以后，朝廷改变方针，由“联虏平寇”转为联合农民军共同抗清，即“联寇抗清”。
但是后期因为内部不和逐步被清军分化瓦解，农民军和南明诸政权纷纷被清军消灭。
党争
东林党与阉党之争，一直延续到南明时期;阮大铖打击东林党人向来不遗余力，本来阮大铖和东林诸君子关系不错，但受到赵南星的打压，最后倒向阉党。当时东林党人力主拥立潞王，史可法写信给马士英说明福王“七不可立”，马士英却抢先拥立福王。史可法在东林党与阉党之间两难。《桃花扇》记载阮大铖刻意逢迎复社的吴应箕、沈昆铜、沈眉生等人，结果反被责打一顿，后来阮大铖成为弘光朝重臣，随之展开报复行动。
永历朝又有吴楚党争，主要是“东勋”李成栋养子李元胤及杜永和等和“西勋”陈邦傅以及瞿式耜节制的将领之间的斗争，楚党的幕后人物为李元胤、袁彭年、丁时魁、蒙正发。吴党有瞿式耜、堵胤锡、陈邦傅、王化澄、朱天麟。堵胤锡等人主张联合原农民军，何腾蛟、瞿式耜则排斥农民军。吴、楚党争使得南明与大顺军、大西军的战力始终无法整合，最后亡于清军之手。
选秀
弘光朝
朱由崧即位后，下令选淑女入宫，派宦官于南京城中四出搜巷，凡是有女之家，必以黄纸贴额，持之而去，南京城中骚动。朱由崧又下令修西宫西一路为慈禧殿，以安置继母邹太后。当年八月邹太后自河南至南京，八月十四日谕户、兵、工三部“太后光临，限三日内搜括万金，以备赏赐”。八月十六日御用监又令造龙凤床座、床顶架、宫殿陈设金玉等项，越数十万两。造皇后冠，命内臣采购猫儿眼、祖母绿及大珠重一钱以上者百余颗。崇祯十七年除夕，弘光帝独坐兴宁宫中，愀然不乐。太监韩赞周问道：“宫殿新落成，皇上应当欢喜，而闷闷不乐，是思念皇兄吗?”弘光帝不应，继而回答说：“梨园殊少佳者”。弘光元年(1645年)正月，弘光帝又下令修南京奉先殿、午门及左右掖门，并派太监田成至杭州、嘉兴二府选淑女。四月甲子，弘光帝在南京贡院选淑女，七十人中选中一人，即阮大铖的侄女。四月壬戌，杭州送来淑女五十人，弘光帝选中周姓一人，王姓一人。
隆武朝
朱聿键登基数月，不选秀，只皇后曾氏一妻，不选太监入值，只以贴身的亲信入值司礼监。
永历朝
朱由榔登基诏书：特谕不立东厂，不选宫人。