新朝初建，重建军事力量乃为必然之举。各政权在招收溃兵、流寇及定策之兵等基础上，开始军事重建之路，最终形成几支较强大的支撑本政权的军事力量存在。从来守江南者必於江北，当酌地利设四藩：以淮、扬、庐、泗自守，而以凤、徐、滁、六为进取之基;督师驻扬州，居中调遣。自成将李锦、高必正拥众数十万逼常德。腾蛟令胤锡抚降之，置之荆州。隆武帝即命其军改称“忠贞营”，封高氏为“贞义一品夫人”，为之立坊，文曰“淑赞中兴”。当是时，降卒既众，腾蛟欲以旧军参之，乃题授朝宣、先璧为总兵官，与承胤、赤心、郝永忠、宗第、进才及董英、马进忠、马士秀、曹志建、王允成、卢鼎并开镇湖南、北，时所谓十三镇者也。四将军部下有在陕西参加农民起义的战士一万人作为骨干，又在云南招募汉、彝各族人民入伍，编练新军。改诸军悉曰行营、设护卫曰驾前官。李定国以收获孙可望之兵名曰秦兵，滇省旧兵名日晋兵。郑成功的军队以镇为单位，每镇的兵力大约在二千人左右，兵力最盛时水师、陆师合计达到七十二个镇，总兵力约为十五万左右。
军费开销
时任弘光朝廷都给事中的李清在《三垣笔记》中就军费开支算了一笔账：武昌的左良玉有五万人，每年军费一百万两;江北四镇各三万人，共计十二万，每年军费二百四十万两;京营六万人，每年军费一百二十万两;其余八镇共十二万人，每年军费二百四十万两。弘光政权的军队总计三十五万人，每年的军费累计七百万两。
异姓藩王
根据明朝会典等制度的规定，只有皇族可以在生前封为王爵。非皇族者生前最高爵位为国公，死后可追赠郡王爵。此制度一直实行至明朝灭亡，及南明的弘光、隆武两朝。但是至永历朝时局混乱，在孙可望的逼迫下，永历帝打破了异姓不封王的惯例，分封了不少异姓王。