袁世凯在朝鲜甲申政变中为维护大清朝利益，所做出的种种贡献，可以称得上是实实在在的功不可没。但是大家不要忘记了，袁世凯的种种举动都是私自做出的，无论是压制政变还是与朝鲜国王以礼仪往来，都不是得到自己的上司，也就是代表着清政府的李鸿章所同意的，他第一次任性，假传的是吴长庆的命令，吴长庆不仅没有怪他，反而大大提拔了他。可这一次，袁世凯可是背着李鸿章乃至整个清朝政府私自集结兵力帮助朝鲜压制政变，如果算起老账来，把他拉出去砍了也说的过去。
果不其然，事件平息后没有多久，就传来了李鸿章的命令，对袁世凯私自用兵之事进行了详尽的审查。但是，在背后捅袁世凯一刀的人并不是李鸿章，再说李也实在没有这个必要。虽然，收到驻朝使节的来报之时，李鸿章是极力反对去挑衅日本的，但当袁世凯三下五除二把政变平息的消息传到京城的时候，李鸿章是大为所喜，一个小小的袁世凯，就那么轻而易举的在国门之外把这件放了谁都头疼的难事儿给解决了。
李鸿章虽然派出了特使来到朝鲜调查事件的所有经过，但其本意上并没有要把袁世凯怎么样的意思，被李派来的特使也对李鸿章的心意熟知于心，只是查查问问，但对袁世凯本人还是极为看中的，甚至于会有意无意流露出对袁世凯的器重。就这样，这件事儿就这么不了了之了。所以，李鸿章并没有责难袁世凯，更没有让他卸甲归田，回家种地的意思。李鸿章之所以是李鸿章，绝不是个不分忠奸，残害忠良之徒。那么，从袁世凯立得大功，到他向朝廷请辞之间，到底发生了什么?到底是什么人?什么事让他不得不在风头正盛的时候做出这样的选择呢?
特使对袁世凯的调查不了了之，而袁世凯则继续留在朝鲜为清政府卖命。由于在政变中，不少守旧派大臣都被开化派的人给杀害了，再加上守旧派本身也不太愿意和清政府继续保持藩国关系，袁世凯为了拢络人心改变这种局面，就从军费中拿出来一部分资金，用于安顿在甲申政变中不幸丧命的大臣家属。他以为这是替朝廷办事儿，自然应该由朝廷来买单。所以就毫不思索把这笔账记在了朝廷的名义下边。
事情就出在了这笔钱上边。当袁世凯想都不想拿着支出账单向在合肥的李鸿章汇报的时候，一向对他看好的李鸿章却不乐意了。他回信告诉袁世凯，国家的银两怎么可以就这样被袁世凯拿着按照自己的臆想去收买人心?而且收买人心也不见得就是一个明智的做法。并勒令袁世凯尽数赔偿所支出的银两。袁世凯接到消息后，也是不由得心里一惊，立刻派了亲信连日返回河南老家，用自己的家财把这部分账目全数补上，足足六十几万两白银。
原来，事情蹊跷在了这里。袁世凯虽然在朝鲜屡建奇功，可他也着实得罪了不少人，其中主要为吴长庆部下的官兵，当然，还包括当时和袁世凯一起处在朝鲜的吴兆有和张光前，袁世凯得罪吴长庆部下自然不必说，想当初，他仗着吴长庆的支持没少折腾他的这些老同事们。而得罪张吴二人，则是在看不见的地方了。甲申政变袁世凯一人逞了英雄，却让张吴二人甚是难堪，尤其是，李鸿章派来的特使对袁世凯私自动兵的行为不闻不问，更让他们恼火。于是就把袁世凯私自动用军费的事情给捅了出去。袁世凯只是一个小小的武官，动用军费等大事情必须要经过张吴等人的同意的。李鸿章得知此事之时，让袁世凯拿家产赔偿，已经是给了他很大的面子了。
袁世凯痛定思痛，觉得周围的环境似乎有了很多不利因素，又询问了自己的另外一个叔父袁保龄。不得已向李鸿章提出了辞职归乡的决定。