安庆守军因长锁被困，粮食吃光，只好搜食猪、狗、树叶、树皮，许多战士活活饿死。九月四日夜，清军在安庆马山脚下挖掘地道，暗暗通到城下，装上大量火药。九月五日上午八时，清军点燃火药，一声巨响，城墙被炸开几十丈的缺口。守将吴定彩、叶芸来率领太平军将士用躯肉堵住缺口，拚死奋战。最后，全城两万多将士全部壮烈牺牲。
安庆陷落，长江以下无险可守，沿江城市相继失陷，过了两年，天京陷落了。
在长达一年的安庆保卫战中，太平军先后投入数十万兵力，最终归于失败，教训极为深刻。从战略上看，太平军处于被动保守地位，为安庆一城的得失所左右，被迫同敌人进行战略决战，这是最大的教训。同时，在作战指挥上也犯了一系列严重错误。
第一，主要将领缺乏一致而坚定的决心。除陈玉成积极主张救援安庆外，其他主要将领都不十分积极。
第二，主要将领决心不果断。陈玉成、李秀成贸然放弃合攻湖北计划，不坚决夺取武汉就是明证。
第三，缺乏集中统一的指挥。太平天国没有指定前线最高指挥官，各部主将基本上是各行其是，违反了兵权贵一的兵法原则。而敌人一方则十分明确。这是安庆保卫战失败最主要原因之一。
所有这些错误，最终导致了安庆的失守，从此，太平天国革命形势急转直下，无法挽回。