天京即今日的南京。明清两代交替期间，南京城并未遭到什么破坏，清政府在此设立了两江总督衙门，管辖江苏、江西和安徽3省，仍然保持了南京作为东南重镇的地位。在清代前期，南京的城市经济持续发展，特别是丝织业发展到了鼎盛时期。清政府特设江宁织造署来管理丝织业，著名小说《红楼梦》作者曹雪芹的祖上就曾经先后担任江宁织造官近60年之久，从而构成了《红楼梦》书中内容的重要历史背景材料。
1853年3月，广西桂平县金田村起义的太平军进抵南京城。天王洪秀全直接进至两江总督署，不久即就此改建为“天朝宫殿”(1853-1864年)，太平天国建都天京期间，曾经在此颁布了以废除封建土地制度为核心的《天朝田亩制度》，推行了“耕者有其田”的政策。在太平军内部实行平均分配的“圣库”制度，并设立诸匠营和百工衙等统一管理各种手工业的机构，还实行了解放妇女和逐步开放商业的政策。由于太平天国政权的种种失误，使清政府得以重新聚集力量来反扑。1864年7月天京终于被攻陷。清军入城后，洗劫了天王府及其他王府和仓库，并纵火焚烧，使金陵遭到了一次浩劫。此后，南京又被清政府用作统治东南地区的中心。并根据被迫与英、法等资本主义列强所订的不平等条约--《天津条约》、《北京条约》，将南京下关开放为商埠。在1911年辛亥革命前的50年间，清政府在南京开办了几处以军火工业为主的近代机器的印刷、发电等工厂;兴建的宁沪、津浦两条铁路，分别于1908年和1911年通车，又兴办了江南水师学堂、江南陆师学堂、高等学堂，以及三江师范学堂(后改称两江师范学堂)等等近代化教育机构。我国近代的文豪鲁迅，曾于1898年至1902年间先后就读于江南水师学堂和江南陆师学堂附设的矿务铁路学堂。