为了眉目醒豁起见，成祖内犯陷京师的经过，我再撮要提示一遍：六月初燕师以都督陈瑄投降，得以渡江，取道镇江、龙潭，直薄京师;大约在六月十三，谷王及李景隆开京城西北的金川门迎燕，燕王入城，分遣诸将守城，致书建文帝;其时皇城已闭，燕王不愿以武力破宫，还驻龙江驿。约在午后不久，皇宫火起，成祖派兵驰救，火息搜索，由成祖的太监，找出一具尸首，说是建文帝已*。其实不是。那么建文帝到哪里去了呢?这个谜，留待以后再研究，先谈成祖入承大位之初的残忍暴虐。
成祖的本意，希望建文帝逊位让国，及至皇宫火起，才知如意算盘落空，于是一面拷问宫嫔太监，追问建文帝的下落;一面大事搜索，捉拿所谓“奸臣”。这两件事，前者无结果，不得已肯定建文帝*，而在破城后的第八天将那具尸首下葬;建文马皇后亦无下落，相传被指为帝尸者，实为后尸。方孝孺是明太祖开国文臣第一位的宋濂的得意弟子，两蒙召见，太祖看出他是乱世忠臣的气质，认为一时用不着他，派为陕西汉中的学官。蜀王慕名聘为他的世子——嫡长子的老师，以礼相待，题其书斋名为“正学”，后世尊称他为“正学先生”的出典在此。
建文帝即位，方孝孺奉召入京为翰林院侍讲，这个官衔，顾名思义是侍奉皇帝讲读，实际上就等于建文帝的老师之一，第二年升为侍讲学士，权责也加重了，成为建文帝的最高顾问，凡有大政事裁决，往往先征询他的意见。不久，又成了建文帝的副手或代表：临朝奏事，当面决定了可否，建文帝往往就命方孝孺代为批答章折。一有空，君臣二人便商量如何臻于三代之治，甚至想复行经王莽试验失败了的井田制。建文帝对他的尊敬和信任，已驾乎齐、黄以上。
燕兵内犯，朝廷镇压，一切诏旨檄令，都出于方孝孺之手，自然也参赞军事。他出的那些计策，道衍一望即知，不会上当。譬如说，仁宗为燕世子时留守北平，方孝孺知道他的弟弟高煦狡诈，曾想夺嫡，于是定了条反间计，在成祖兵次徐、淮时，特遣一名锦衣卫千户携带诏书赐燕世子，想为高煦制造口实，引起燕府的内乱，哪知燕世子不拆诏书，连同那名千户一起送至军前，轻易破了方孝孺的计策。但是那些义正辞严的*诏檄，却引起了道衍惺惺相惜之心，所以成祖最后一次出兵时，道衍特以方孝孺为托。
道衍是这样对燕王说的：“到了京城，方孝孺一定不肯投降，请不要杀他。杀了方孝孺，天下读书种子绝了!”成祖当时答应了他的要求，等方孝孺被捕下狱，成祖记起道衍的话，同时想借重他的名望及文笔，于是派人把他召入宫内，草拟即位诏书。方孝孺一进宫就放声大哭，响彻殿庭，成祖亲自从御榻上走下来劝他说：“方先生不必如此悲苦，我不过想效法周公辅成王的故事而已。”成王是指建文帝。所谓“成王之子”，是指建文帝的两子，长子名文奎，年方七岁，陷城后不知所终，大概是焚宫之时，烧得尸骨无存也。次子则尚只两岁，名文圭，禁锢禁中五十五年，号为“建庶人”，从小没有接触过高墙以外的人世，所以释放以后，形同白痴，连猪犬都不认得，此真人间惨不可言之事，“不幸生在帝王家”，正此之谓。
“主少则国疑”，所以“国赖长君”这句话，还勉强可以辩解，但“长君”应另有人——建文帝行二，他下面还有三个弟弟：吴王允熥、衡王允、徐王允，因而方孝孺反驳：“何不立成王之弟?”驳得成祖哑口无言，只好这样说了：“这是我的家事。”叫左右拿笔墨来，坚决地说：“诏告天下，非先生来写不可!”方孝孺一下子反了，把笔札掷在地上，且哭且骂：“死就死!诏书绝不写。”成祖勃然变色，提出警告：“你难道不怕灭九族?”“灭十族又如何?”“好!”成祖接口，“我就灭你的十族。”
方孝孺当然“磔死”，死时年四十六岁，绝后。方孝孺有此决绝的表示，是因为他相信建文帝已殉社稷——这也是他的主张;如果他知道了建文帝生死成谜，或许会忍死须臾，以谋匡复。方孝孺既死，即位诏书还得有人来拟，成祖找到另一个宋濂的学生，侍读楼琏。他当面不敢辞谢，回到家对他妻子说：“我甘于学方孝孺那样而死，但怕连累了你们。”当夜自缢，不负本心。
成祖破京之初，类似的忠烈孤臣，比比皆是，其中有个卓敬，需要特加介绍。卓敬字唯恭，浙江瑞安人，洪武二十一年中进士后，除户科给事中。给事中与御史同为言官，御史以省分道，如“浙江道”、“山东道”等，而给事中配合六部分科，所以合称“科道”。卓敬为言官时，耿直无所避忌。建文初他上一道密疏，说燕王智虑绝伦，雄才大略，酷类先帝;北平形胜之地，士马精强，金、元由此而兴，所以不宜让燕王镇北平，建议徙封南昌，就近监视，万一有变，亦易于控制。这确是曲突徙薪、防患未然的救时良方，可惜建文帝不听。
卓敬被捕，成祖虽责以离间骨肉，但颇有怜才之意，把他下在狱中，劝他投降。卓敬不屈，成祖亦不杀。哪知道衍与卓敬有仇隙，便在成祖面前进谗：“如果卓敬的建议见诸实行，皇上哪里会有今天?”成祖因而斩卓敬、诛五族。至于铁铉，本来一直守山东，燕军南侵，建文帝命东辽总兵杨文领兵十万会合铁铉，绝燕归路。杨文无用，所部入关，为燕将拦截，无一能至济南。建文四年四月，铁铉与盛庸战燕军于淮、徐之西，时有斩获，不幸平安一军垮了下来，盛庸亦遭败绩，铁铉不得已屯兵淮上。京师沦陷，所部溃散，铁铉被擒，解至京师，成祖亲自审问，铁铉背对殿上，丑诋成祖不仁不义，死时年三十七岁。
明太祖最受人批评的一事，是侮辱衣冠，至成祖又变本加厉，清朝章学诚曾指出：“前朝虐政，凡缙绅籍没，波及妻孥，以致诗礼之家，多沦北里。”在明太祖时，于南京干道桥设“富乐院”，罪人眷属，发此为官妓。成祖处置建文孤忠的妻孥，实在与流寇的作风无甚分别。如《国朝掌故》所记：“铁铉妻杨氏年二十五，送教坊司。劳大妻张氏，年五十六，送教坊司。张氏旋故，教坊司安政于奉天门奏，奉圣旨：‘吩咐上元县，抬出门去着狗吃了。钦此!’”请想，这是什么皇帝!
成祖的严苛好杀，出自天性，在他晚年，宫中还掀起了一件杀人盈千、株连极广的大狱。事起于一名来自朝鲜的妃子，因争宠，谋害了另一名来自朝鲜的权妃。成祖因为有朝鲜血统，饮食非权妃照料不能适意，所以对权妃被害震怒不息，穷治其事。《明史》中对此只字不载，傅斯年先生曾根据朝鲜《李朝实录》考证其始末。此是另一个宫闱故事，这里从略。仁宗即位后，立即赦免“靖难之变”中的死难诸臣的家属，遣戍者大都放还，并有“御札”，凡“建文中‘奸臣’家属初发教坊、锦衣卫、浣衣面习匠、功臣家奴，今有存在，并宥为民，给还田土”。善于为父补过，不愧为“仁”。