此后蒙古大军势如破竹，将当时的高氏国相高泰祥擒获后斩杀，但忽必烈认为他是忠臣，对其后代“许以世其官”。1254年秋，蒙古大军攻破昆明，段兴智被俘，至此建国300余年的大理国灭亡。
不要以为至此大理段氏就退出了历史舞台。亡国之君段兴智没有被处死，反而被封为大理总管，依旧掌管云南5城、8府、37郡，只是由皇帝变成了土皇帝而已。从此段氏世代相承，总管云南12代百余年，直到1382年朱元璋派兵入云南才彻底结束。
由于蒙古大军、明军两次入云南作战，许多文献资料毁于战火。所以关于段正淳、段誉、段智兴等人事迹非常之少，而起他们大多出家为僧，甚至生卒年龄都不详。同样大理历代皇帝出家的崇圣寺（小说中天龙寺的原型）也毁于战火之中，只有三塔犹存于洱海之畔。