604年当长孙晟回到京城时，正赶上隋文帝病死。杨广秘不发丧，并任命长孙晟为内衙宿卫，知门禁事、左领军将军等职。此后长孙晟又奉命领兵参与平定汉王杨谅的叛乱，因功被封为武卫将军。
607年隋炀帝准备北巡塞外，陈兵耀武，怕启民可汗误会，就派遣长孙晟前去宣喻。启民可汗染干了解后，率领契丹、奚等十几个部族的酋长齐来迎接隋炀帝。长孙晟见到招待隋炀帝的牙帐内杂草丛生，想让启民可汗亲自剪除，借此向各部族宣示天子的威严。便指着帐内的草，言道：“此根大香”。启民可汗闻后说：“殊不香也。”
长孙晟说：“天子行幸所在，诸侯躬亲洒扫，耘除御路，以表至敬之心。今牙中芜秽，谓是留香草耳!”启民可汗这才明白，赶紧说：“奴罪过。奴之骨肉，皆天子赐也，得效筋力，岂敢有辞？”。于是拔出佩刀，亲自除草，其余各部族长见后，争相剪草。此外启民可汗还举国开御道，西起榆林，东达于蓟，长3000里，宽百步。隋炀帝听闻后，对长孙晟的大加赞赏，加封其为右骁卫将军。
609年这位让突厥视如雷霆的长孙晟病死，时年58岁。同年诚心归顺隋朝的启民可汗也离世，隋朝与突厥的关系开始变得非常微妙。615年8月，隋炀帝出塞北巡，于雁门为突厥始毕可汗所围，隋炀帝慨叹道：“向使长孙晟在，不令突厥至此”
长孙晟一生共有五子一女，分别为长孙无乃、长孙无傲、长孙无宪、长孙无忌、长孙无逸以及长孙皇后。特别是长孙无忌、长孙皇后，他们在隋末唐初的历史上影响颇深。而他们的父亲，曾经一箭射双雕、用计谋搞垮突厥的长孙晟，却淹没在隋朝短暂的历史尘埃当中。
“上兵伐谋，其次伐交，其次伐兵，其下攻城”，长孙晟虽然一生从未指挥过大规模作战，但他凭借自己的出众的谋略，将偌大的突厥帝国为分化瓦解，这不正是战争所追求的最高境界吗？