公元1127年，金国大举南下，宋朝的首都开封陷落。作为皇室唯一的幸存者，赵构在南方重建了宋朝。金国不允许宋朝继续存在，提出了“搜山捡海捉赵构”的口号。不过金国的如意算盘并没有如愿，宋金两国在淮河到川陕一带反复较量。陕西地区又成了战区，南方是宋朝，西面是西夏，这样的战略格局自然无法发展经济。在金国统治下，陕西地区的经济情况一直没有多大的发展。蒙古国崛起之后，所有国家的噩梦来了。西夏和金国先后被蒙古所灭，为了起到威慑和报复的作用，蒙古军队在北方进行了大屠杀。截止蒙古完全控制北方地区时，北方的人口下降了82%。这也是后来朱元璋将山西人迁往北方各省的原因，陕西地区也强不了多少，自然没有成为首都的资格。
三、明朝的国防重心从西北转移到了东北
秦汉隋唐等王朝之所以要把都城建立在陕西，是因为当时国家的国防重心在西北地区。但是到了明朝，这一情况发生了根本变化。败退草原的蒙古贵族们一心想再次进入中原，不过他们的进攻路线一般都在山西和河北。明朝的国防重心转移到了东北方，到了永乐皇帝朱棣在位时期，这一情况尤其明显。处于各方面的考虑，朱棣打算迁都，把大明朝的首都由南京迁移到自己的根据地北平。朱棣之所以有这一举动，即有从国家层面的考虑，也有从自身利益的角度考虑。公元1421年，朱棣正式把首都设立在了北京。不过南京的位置被没有废除，从法理上说，明朝有两个首都。不过到了明朝中期，南京成了政治失败官员的养老之地。这里的官员只拥有较高的地位却没有一点实权。