1449年，足利义政成为室町幕府第8代将军，他耽于酒色，不理政事，导致社会动荡，各地不断发生德政暴动，将军权力逐渐衰落，幕府实权旁落重臣和实力强大的守护大名细川胜元、山名持丰(又名山名宗全)等手中。
足利义政早年无子，1464年以弟足利义视为继嗣、以细川胜元为保护人。次年其妻日野富子生子足利义尚，以山名持丰为保护人。二者争夺继嗣地位的斗争，使中央势力发生分裂。在守护大名各领国内，地方领主力量也不断增大，并干预守护大名的继承纠纷，因而守护大名的势力也发生分裂。以细川胜元和山名持丰的对立为中心，中央与地方封建势力的分裂日趋激化。
1467年1月18日,畠山政长和畠山义就在京都发生武装冲突，山名持丰助畠山义就获胜。以此为导火线，细川胜元和山名持丰各自调集援军进入京都。细川方面有斯波义敏、畠山政长、赤松政则、京极持清等,大本营在将军驻地幕府,称东军。山名方面有斯波义廉、畠山义就、一色义直、六角高赖等，大本营在幕府以西的山名持丰邸，称西军。5月26日,两军开始大战。最初东军稍强。8月，大内政弘率军2万东上京都，支援西军，10月激战于相国寺，未决胜负。此后京都地区的战斗进入胶着状态，战乱逐渐波及地方。战争中，东军控制将军足利义政、后土御门天皇和后花园上皇，西军则控制义视和南朝的后龟山天皇之重孙，双方均以自己为正统，称对方为贼军。
长期战乱极大地消耗了双方的实力。地方武士则借机扩大自己的领地,争夺领国统治权，有的甚至企图夺取守护大名的地位，在京都作战的守护大名对此深感不安,因而出现厌战情绪。
1472年，两军首脑开始和谈。1473年，持丰和胜元相继死去，和谈加速进行，次年4月一度达成和议。但因赤松政则、畠山义就和大内政弘反对，未能实现。1477年9月，畠山义就由于领国不稳率军返回河内。大内政弘也在幕府重新承认他对周防、长门、丰前、筑前等领国的统治权后，于11月率军退出京都，战乱基本结束。应仁之乱中，京都大半化为焦土，相国寺等古建筑与许多艺术珍品遭破坏,人民备尝离乱之苦。战乱后，幕府将军、守护大名和庄园领主贵族的力量更加衰弱，日本历史进入新兴的战国大名互相混战的战国时代。